山东省优秀中青年科学家科研奖励基金(2008BS07017)
- 作品数：4 被引量：6H指数：1
- 相关作者：赵宏坤谢之景张兴晓朱晓林姜世金更多>>
- 相关机构：山东农业大学济南出入境检验检疫局山东省出入境检验检疫局更多>>
- 发文基金：山东省优秀中青年科学家科研奖励基金山东出入境检验检疫局科研项目更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 猪流感病毒H3N2亚型济南株HA、NA、NP基因的克隆与序列分析
- 2010年
- 根据GenBank中流感病毒H3N2亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒（SIV）H3N2济南株（SW/SD/JT/07（H3N2））HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,SW/SD/JT/07（H3N2）HA基因长度约为1 701 bp,编码566个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.2%~81.8%;HA0切割位点序列为PENQTR↓G,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07（H3N2）HA蛋白有7个糖基化位点,由于碱基突变缺少了1个糖基化位点,表明其抗原性及其生物学特性发生变化。SW/SD/JT/07（H3N2）与所有参考毒株HA蛋白上的受体结合位点的氨基酸很保守,即98、134、136、138、226位分别为Tyr、Gly、Ser、Ala、Asn。SW/SD/JT/07（H3N2）NA基因长为1 413 bp,编码470个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.1%~91.8%,NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07（H3N2）与禽流感病毒H3N2亚型亲缘关系最近。SW/SD/JT/07NA（H3N2）NA蛋白与参考毒株的颈区63、64、65位置均无氨基酸缺失现象,可推测其对病毒的复制能力不会有很大影响。SW/SD/JT/07（H3N2）NP基因长为1 565 bp,编码498个氨基酸。与参考毒株的同源性为79.8%~87.8%,NP基因系统发生树分析结果表明,2002年、2004年暴发的西班牙流感同源性较高,亲缘关系较近,而与中国内地广东株同源性小,亲缘关系较远。
- 朱晓林凌宗帅邱莹谢之景赵宏坤姜世金张兴晓
- 关键词：猪流感病毒HA基因NA基因NP基因
- 猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析被引量：5
- 2009年
- 根据GeneBank上发表的猪细小病毒（PPV）的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株（PPV-TA）NS1基因和VP2基因。结果表明,PPV-TANS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPVNS1基因核苷酸同源性在98.3%～99.9%之间。PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异。PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同。NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近。PPV-TAVP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3%～99.8%之间。PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的。但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的。PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性。VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近。
- 邱莹胡传伟朱晓林谢之景赵宏坤姜世金张兴晓陈甜甜
- 关键词：猪细小病毒NS1基因VP2基因
- 猪流感病毒H9N2亚型济南株HA、NA基因的克隆与序列分析被引量：1
- 2010年
- 根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%～98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%～99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。
- 朱晓林凌宗帅邱莹谢之景赵宏坤姜世金张兴晓
- 关键词：猪流感病毒H9N2亚型HA基因NA基因
- 猪流感病毒H1N1亚型济南株HA、NA、NP基因的克隆与序列分析
- 2011年
- 根据GenBank中流感病毒H1N1亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H1N1济南株(SW/SD/JT/07)HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,SW/SD/JT/07(H1N1)HA基因长为1 701bp,编码566个氨基酸;HA蛋白切割位点为IPSIQSR↓G,属于非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,其中有6个在HA1蛋白上,有2个在HA2蛋白上,与个别参考毒株糖基化位点个数不同;HA蛋白上的受体结合位点与多数参考毒株一致。SW/SD/JT/07(H1N1)NA基因长为1 410bp,编码469个氨基酸;NA基因颈部未发现氨基酸缺失现象;NA蛋白的头部有5个可能的抗原位点Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分别由5个区段组成,在340、346、366位分别为P、I、N,其余参考毒株在相应位置的氨基酸分别为S、V、S;NA蛋白共有8个糖基化位点,与个别参考毒株的糖基化个数不同。SW/SD/JT/07(H1N1)NP基因长为1 565bp,编码498个氨基酸,根据HA、NA、NP基因系统发生树分析,说明SW/SD/JT/07(H1N1)与2009年全球范围内暴发的H1N1甲型流感病毒的几个参考毒株亲缘关系较远,不属于同一分支;根据NA、NP基因系统发生分析表明,SW/SD/JT/07(H1N1)与H1N1亚型禽流感病毒亲缘关系最近。
- 朱晓林凌宗帅祝素珍谢之景赵宏坤姜世金张兴晓
- 关键词：猪流感病毒HA基因NA基因NP基因
