江西省教育厅科技计划项目(GJJ08051)
- 作品数：1 被引量：6H指数：1
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- 相关机构：南昌大学更多>>
- 发文基金：江西省教育厅科技计划项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 乳腺癌转移相关microRNA-200c调控的基因网络分析被引量：6
- 2013年
- 目的:结合生物信息学分析手段,筛选乳腺癌转移相关微RNA(microRNA,miRNA)-200c调控的基因网络。方法:采用Aymetrix miRNA生物芯片分析12株乳腺细胞中差异表达的miRNA;应用脂质体转染法将miR-200c模拟物(mimic)转入4株高转移性的乳腺癌细胞株(BT549、HS578T、MDA-MB-231和SUM159PT)中,再用Aymetrix mRNA生物芯片检测转染miR-200c mimic后高转移性乳腺癌细胞株中差异表达的基因。采用生物分子功能注释系统(Capital Bio Molecule Annotation System,MAS),筛选miR-200c调控的信号通路与基因网络。结果:12个乳腺细胞株中筛选出9个差异表达的miRNA(P<0.01,倍数值≥20或≤-20),其中以miR-200c在高转移性乳腺癌细胞株中下调幅度最显著。4个转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有33个共上调基因及13个共下调基因。实时荧光定量-PCR与蛋白质印迹法验证结果显示,共调基因锌指E框结合同源框1(zinc finger E-box binding homeobox1,ZEB1)mRNA和蛋白在4个转染细胞株中均下调。MAS生物信息学分析结果显示,转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有的差异表达基因相关信号通路包括嗅觉传导(olfactory transduction)通路、细胞因子-细胞因子受体关联(cytokine-cytokine receptor interaction)通路和细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路等,不同的信号通路可以通过共调基因相互联系,在特定的信号通路中,共调基因间也存在密切的相互联系。结论:以高通量生物芯片检测为基础,运用生物信息学分析手段,多元化筛选获得miR-200c调控的基因网络,为后续展开miR-200c作用机制的研究提供了明确的方向。
- 王晟肖影群刘卓琦杨晓红熊小亮朱伟锋石慧东罗达亚
- 关键词：乳腺肿瘤微RNA肿瘤转移系统生物学
