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细菌DNA硫修饰生物学功能:体内、体外和理论计算方法探索硫代磷酸脱氧核苷酸的抗氧化作用: 细菌DNA硫修饰是不久前发现的一种普遍存在于细菌的表观遗传修饰现象。链霉菌等细菌运用dndA-E功能基因簇转运半胱氨酸的硫原子,以置换鸟苷附近磷酸基团非桥键氧[1]。细菌的硫修饰核苷酸位点具有特殊的分子识别和抗氧化功能,...; 黄强吴婷婷赵一雷; 关键词：ROS; 文献传递

白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析: 2018年; 运用生物信息学方法分析了各物种漆酶的耐盐性差异,并利用随机加速动力学模拟计算揭示了白腐菌漆酶内部连接三铜活性中心(TNC)的氯离子、氧气和水分子的可能输运通路.生物信息学系统发生树和结构比对分析表明,担子真菌、子囊真菌与细菌漆酶具有较高的结构保守性;通过随机加速动力学模拟发现,白腐菌T.versicolor漆酶内部有5条小分子输运通道(p1~p5),其中p2和p5为新的输运通道;与氧气和水分子输运不同,氯离子在漆酶内部输运时受到明显约束,以较高的几率通过p1和p4输运通道.高耐盐漆酶的p1通道周边富集了更多酸性和芳香性氨基酸残基,降低了氯离子的输运效率,从而提高其耐盐性.; 李文娟赵一雷; 关键词：漆酶耐盐性系统发生树

喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析被引量：1: 2017年; 通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.; 周超石婷赵一雷王晓雷

漆酶与酚类模式底物的结合及反应活性的理论研究被引量：7: 2014年; 通过生物信息学分析、分子动力学模拟及量子化学计算,对21种邻对位取代酚类模式底物与漆酶的结合能力以及反应活性进行了探讨.生物信息学结构比对分析发现漆酶的活性口袋含有Asp/Glu206,Asn/His208,Asn264,Gly392和His458等保守的氨基酸残基(氨基酸残基编号以Trametes versicolor漆酶为例,PDB:1KYA);采用MM-GBSA方法计算了21种酚类模式底物与T.versicolor漆酶的结合自由能.分子力学计算结果表明,漆酶与底物的结合力主要来自Asp206和Asn264等残基与底物分子形成的分子间氢键,并且Phe265残基和酚类底物的芳香环形成π-π相互作用.量子化学计算表明,芳环上取代基的推拉电子效应显著影响协同电子转移的底物去质子化过程,其中推电子能力较强的—NH2,—OH,—OCH3和—CH CHCH3等基团能够明显增强酚羟基反应活性,而吸电子的—CONH2和—Cl则具有相反的效应.; 齐艳兵朱吉人孙尧金杜芸褚建君石婷赵一雷王晓雷; 关键词：漆酶反应活性分子力学量子化学

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国家自然科学基金(21377085)