国家高技术研究发展计划(2003AA603021)
- 作品数：12 被引量：286H指数：10
- 相关作者：孔杰王清印刘萍张天时孟宪红更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院黄海水产研究所中国科学院中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学天文地球更多>>
- 中国对虾与生长性状相关微卫星DNA分子标记的初步研究被引量：28
- 2006年
- 利用分群分离分析法对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育生长快的第6代群体生长性状发生分离的群体进行了微卫星DNA的遗传分析。7个多态性微卫星位点对分离群的大个体组和小个体组扩增时产生7个片段表现差异,扩增片段大小为0.1～1.0kb之间。同时对中国对虾人工选育的生长快群体4个连续世代进行了验证,扩增的结果显示,7个微卫星位点在4个连续世代中大部分的扩增带出现的频率相近,但是有一些扩增片段的基因频率出现差异,这些等位基因频率或增或减,这是否可作为具有良好生长特性的人工定向选育群体的遗传标记尚有待进一步研究。
- 张天时刘萍李健孔杰王清印
- 关键词：中国对虾微卫星选育群体生长性状
- 中国对虾杂交优势对自然感染白斑综合征病毒的抗病力分析被引量：10
- 2007年
- 一个包括42个全同胞家系的中国对虾选育群体,荧光标记后每个家系各取40尾健康个体混养,自然发病并确认感染白斑综合征病毒(white spot-syndrome virus,W SSV)。发病1周后将所有个体取出,统计各家系的存活率,并对活体利用巢式聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)进行W SSV检测。对存活率进行分析,结果显示:4个家系的存活率在60%以上,7个家系的存活率在20%以下;存活率与第一次扩增阳性率、第二次扩增阳性率呈不显著负相关。第一次扩增阳性率与第二次扩增阳性率呈极显著正相关。结合两次扩增的阳性率分析得出:青岛野生群体内自交产生的一个家系和韩国群体养殖家系与乳山野生群体杂交产生的一个家系在抗病力上显著优于其它家系;经独立样本t检验表明,群体间交配组合的存活率差异不显著,因此家系选育可能是进行抗W SSV品种选育的重要途径。多重比较结果发现:韩国群体养殖家系(♂)与乳山野生群体(♀)杂交后代的存活率(56.20%±8.75%)显著高于韩国群体养殖家系自交后代(22.50%±2.50%)(P<0.05),说明该杂交后代在抗W SSV方面有一定程度的杂种优势。而韩国群体养殖家系(♂)和乳山野生群体(♀)的杂交后代所表现的杂种优势(26.95)与其反交后代(3.85)差异显著。
- 李素红张天时孟宪红孔杰
- 关键词：中国对虾巢式PCR白斑综合征病毒
- 中国明对虾抗白斑综合症病毒分子标记的筛选被引量：21
- 2005年
- 采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对经过连续4代选育的抗白斑综合症病毒(WSSV)中国明对虾(Fennerope naeuschinensis)(XY4)及未经选育的与XY4来源相同的中国明对虾野生群体(HB)进行分析,以期筛选出与抗病性状相关的分子遗传标记,为进一步的基因定位以及中国对虾的种质资源保护和分子标记辅助育种提供有力的技术支撑和理论依据。共进行220个RAPD单引物和114对双引物的检测,产生标记数目共计2439个。依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出5个可能与抗病相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析,发现测得片段的序列与数据库中序列的相似性较低,未能找到与所测序列同源性较高的功能基因。这与利用AFLP技术分析的结果一致。由于选育过程施加人工选择,推论这些特异性标记虽不是抗WSSV分子标记,但可能与抗病性状密切相关。
- 孟宪红孔杰刘萍马春艳李颖
- 关键词：中国明对虾RAPD白斑综合症病毒分子标记
- 中国明对虾基因组串联重复序列分析被引量：7
- 2005年
- 串联重复序列包括微卫星和小卫星重复序列, 前者的重复单位长度为1～6 bp, 后者的重复单位长度在7 bp以上. 通过对中国明对虾884 kb总长度的随机基因组DNA序列的分析, 从中共找到了2159个串联分布的重复序列, 其中微卫星序列1714个, 占总重复序列的79.4%, 小卫星序列445个, 占总重复序列的20.6%. 这些重复序列的总长度为116685 bp, 占总序列的比例为13.2%, 其中微卫星序列长度占9.78%, 小卫星序列长度占3.42%. 依据重复序列数目的多少, 前20种重复序列类型依次是: AT(557个)、AC(471个)、AG(274个)、AAT(92个)、A(56个)、AAG(28个)、ATC(27个)、ATAG(27个)、AGG(18个)、ACT(15个)、C(11个)、AAC(11个)、ACAT(11个)、CAGA(10个)、AGAA(9个)、AGGG(7个)、CAAA(7个)、CGCA(6个)、ATAA(6个)、AGAGAA(6个). 其中两碱基重复序列, 无论是在数目还是在序列长度上, 都占有绝对的优势, 而五碱基重复序列的数目和种类都很少, 只发现了AGAGA, GAGGC, AAAGA 3种; 同时发现由7, 11, 13等数学上称为质数的长度重复单位所组成的重复序列的数目和种类都要比其两边的重复序列的种类和数量要少.
- 孔杰高焕
- 关键词：中国明对虾基因组串联重复序列DNA序列微卫星序列小卫星
- 饵料和养殖密度对中国对虾幼虾生长及存活率的影响被引量：44
- 2008年
- 在实验用虾遗传背景一致的情况下,分析了3种饵料(配合饲料、冰冻鲜鱼肉和活卤虫)和4个不同的养殖密度对小水体中国对虾幼虾生长和存活率的影响。结果表明,饵料和饲养密度对中国对虾幼虾生长及存活率有显著影响。在饵料、养殖密度单因子实验及饵料和养殖密度相结合的双因子实验中,幼虾的生长均表现出极其显著的差异(P<0.01),活卤虫对幼虾生长的效应尤为突出。而养殖密度对中国对虾的行为生物学、个体间体重增量均有影响。随着养殖密度的提高,中国对虾增重变慢;同时,个体间体重增量差异变大。随着养殖密度的增加,中国对虾幼虾的存活率呈下降趋势,但不同饵料对存活率影响变化幅度较大,波动在58.1%～85.2%之间,其中投喂活卤虫养殖密度为50尾/桶的存活率最高(85.2%);投喂配合饵料4个养殖密度梯度的存活率变化不明显;而投喂冰冻鱼肉4个养殖密度梯度的存活率变化较大。因此,采用合适的饵料和养殖密度,能够提高中国对虾的生长速度,提高对虾养成存活率,改善生长过程中对虾群体体长、体重的整齐度。
- 张天时孔杰刘萍张庆文王清印
- 关键词：中国对虾养殖密度存活率
- 用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究被引量：49
- 2005年
- 利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0.5567～0.8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0.6400(CP1)、0.6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1.6830、1.7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1.7742。从遗传多样性所占的比例来看,96.415%的遗传变异是来自群体内,只有3.585%的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0.9187,彼此间的遗传距离仅为0.0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。
- 张天时刘萍李健孔杰王清印
- 关键词：中国对虾微卫星杂合度
- 中国对虾家系建立及不同家系生长发育的初步研究被引量：22
- 2007年
- 在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)家系建立过程中,我们采用定向交配对子代进行选育的方法.采用4种中国对虾人工授精方法,即整个精荚移植、精荚切块移植、输精管移植和精液移植,共进行了155例雌虾的人工授精实验,有108尾雌虾成功产卵并孵化出仔虾,成功率为69.7%,建立了101个全同胞家系和29个半同胞家系.在受精卵孵化、育苗的基础上,同时进行了不同家系幼体生长情况的研究,结果表明受精率、孵化率、存活率以及初期生长在4个实验组间都没有显著性差异.另外对其他家系之间的比较也得出同样的结果,说明不同家系在早期的生长中,没有表现出显著性差异.而在养成阶段,方差分析结果表明家系间在生长上表现出差异极其显著.
- 张天时孔杰刘萍王清印张庆文
- 关键词：家系人工授精
- 中国明对虾2个群体的杂交子一代早期分析被引量：10
- 2007年
- 田燚孔杰杨翠华张天时罗坤
- 关键词：中国明对虾种群生长发育杂种优势
- 串联重复序列的物种差异及其生物功能被引量：44
- 2005年
- 串联重复序列是指1-200个碱基左右的核心重复单位,以头尾相串联的方式重复多次所组成的重 复序列。它广泛存在于真核生物和一些原核生物的基因组中,并表现出种属、碱基组成等的特异性。在基因组 整体水平上,各种优势的重复序列类型不同。即使在同一重复序列类型内部,不同重复拷贝类别(如AT、AC 等)在基因组中的存在也表现出很大的差异。同时,这些重复序列类型和各重复拷贝类别在同一物种的不同染 色体间,以及基因的编码区和非编码区间也表现种属和碱基组成差异。这些差异显示了重复序列起源和进化的 复杂性,可能涉及到多种机制和因素,并与生物功能密切相关。另外,由于重复序列分析软件和统计标准还存 在算法、重复长度、完美性等问题,需要进一步探讨。此外,串联重复序列的自身进化关系、全基因组水平上 的进化地位、在基因组中的生物功能、重复序列数据库建立和应用研究等,将是今后研究的主要课题。
- 高焕孔杰
- 关键词：串联重复序列微卫星小卫星基因组
- 中国对虾微卫星DNA多态性分析被引量：33
- 2004年
- 根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析。实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体。结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因。对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(HD)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失。KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失。其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数F_(st)值进行了计算,两两群体之间的F_(st)值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱。P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27％的遗传变异是来自个体之间,只有0.73％的遗传变异是来自群体之间。最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远。实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。
- 刘萍孟宪红孔杰庄志猛马春艳王清印
- 关键词：中国对虾地理群体微卫星DNA多态性分析分子标记
