国家科技重大专项(2008JXJ09001-019)
- 作品数：2 被引量：15H指数：2
- 相关作者：张峰严江伟刘丽宏杨波卢学春更多>>
- 相关机构：中国人民解放军第二炮兵总医院中国人民解放军总医院中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项军队“十一五”计划专项课题更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 依硫磷酸调控人类基因表达谱的预测及生物信息学分析被引量：6
- 2011年
- 本研究对依硫磷酸调控人类基因表达谱进行生物信息学分析,预测其可能具有的新生物学作用,为深入研究依硫磷酸的药理学作用及方法提供指导。以依硫磷酸(amifostine)为关键词,在互联网开放性数据库包括GEO、Affymetrix基因芯片表达数据库、人类基因组数据库(GenBank)、基因表达数据库SAGE、GeneCard、InterPro、ProtoNet、UniProt和BLOCKS中搜索,并进一步对筛选出的基因表达数据库进行有效性检验、基因表达差异和聚类分析。结果表明,仅在GEO数据库中筛选出1个与依硫磷酸相关的基因表达谱数据库(accession:GSE3212)。有效性检验及基因表达差异分析显示,依硫磷酸处理K562细胞后,分类全基因组仅2.14%(460/192000)的基因在转录水平的表达具有显著差异(p<0.01)。基因注释分析表明,460条差异基因中有139条为已知基因,其中77条表达上调,62条表达下调;13条为依硫磷酸处理后新表达的基因,5条为依硫磷酸处理后表达完全受抑的基因。聚类分析显示,139条基因分属11大类,主要生物学功能与造血及免疫调控、凋亡和细胞周期相关。结论 :生物信息学方法可用于依硫磷酸基因表达谱分析。依硫磷酸对人类基因表达谱具有调控作用,可能对造血及免疫、凋亡和细胞周期等生物学过程具有重要影响,需进一步在实验水平加以验证。
- 杨波蔡力力迟小华卢学春张峰脱帅朱宏丽刘丽宏严江伟脱朝伟
- 关键词：生物信息学
- 重型再生障碍性贫血发病相关T淋巴细胞基因表达谱的生物信息学分析及作为药物筛选新方法的探索被引量：13
- 2010年
- 本研究初步探索重型再生障碍性贫血(severe aplastic anemia,SAA)发病相关的T淋巴细胞基因表达谱特征,并根据药物与疾病基因表达谱相似性对比的原理,探索SAA治疗药物新的筛选方法。以SAA和T淋巴细胞为关键词,在人类基因表达数据库和基因芯片数据库中检索与SAA发病相关的基因表达数据库,并对此基因表达数据库进行显著性检验后筛选与SAA发病相关的基因表达谱,并进行聚类分析。然后,在3 000种药物基因表达谱数据库中筛选与SAA发病相关基因表达谱特征相反者。结果表明,在上述数据库中检索到1个满足条件的相关基因表达数据库GSE3807。与SAA发病相关的T淋巴细胞基因一共有515个(表达水平变化超过2倍),其中上调者202个,下调者313个。聚类分析发现,这些基因分别属于核酸代谢、泛素依赖的蛋白降解通路、免疫球蛋白/主要组织相容性复合体、高尔基体蛋白运输以及蛋白质磷酸化等通路。SAA发病相关基因与药物基因表达谱相似性分析发现,羟基喜树碱、盐酸二甲双胍可能具有治疗SAA的作用。结论:采用生物信息学方法,比较疾病发病相关基因表达谱与药物基因表达谱的相似性,有可能成为SAA治疗药物筛选的新方法。
- 卢学春迟小华杨波朱宏丽刘丽宏张峰严江伟
- 关键词：重型再生障碍性贫血T淋巴细胞羟喜树碱盐酸二甲双胍
