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刺苋花粉泛过敏原Profilin的抗原性评估与三级结构分析被引量：1: 2008年; 目的克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因，分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列，以之为基础设计合成引物，采用Touchdown PCR技术从刺苋花粉的eDNA池中进行基因克隆，并经菌落PCR和双酶切验证；采用生物信息学软件MULTIPRED及SWISS-MODEL在线软件对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟。结果从刺苋中获得两个序列不同的泛过敏原基因，分别命名为PRF7和PRF23。蛋白质三级结构显示：PRF7与已知的泛过敏原Profilin存在少数氨基酸的差异，其空间结构与抗原性没有明显变化；而PRF23与北方豚草花粉泛过敏原Q64LH0之间相似程度较低，而空间结构也呈现明显的差异；尽管Q64LH0与PRF23的全序列抗原性均值差异无统计学意义，受一些区段上不同性质的氨基酸改变的影响，PRF23在这些区段上的抗原性显著低于Q64LH0的抗原性。结论基于Q64LH0和PRF23同源氨基酸序列的抗原性评估及三级结构分析，获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息，映射了南方花粉过敏症发生率较低的原因所在，也为过敏原遗传改良过程中进行氨基酸置换指明了方向。; 陶爱林刘林川王永飞邹泽红马三梅赖荷于陆伍秋容; 关键词：抗原性

铜绿假单胞菌外毒素A免疫毒素片段的抗原性评估及三级结构模拟: 2008年; 目的克隆铜绿假单胞菌外毒素A（PEA）基因及分析不同克隆序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法以铜绿假单胞菌基因组DNA为模板，以PEA编码基因特异区段为引物，采用Touchdown PCR克隆PEA编码基因。阳性克隆经菌落PCR鉴定后进行DNA测序及Clustal X（1．83）比对分析；采用生物信息学在线软件BIMAS及SWISS—Model对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟。人为置换关键部位的氨基酸残基，考察不同性质氨基酸对三级结构的影响。结果从铜绿假单胞菌DNA中获得3个克隆。抗原性分析及三级结构模拟结果显示，3个克隆与公开发表的序列之间存在少数氨基酸的差异；个别区段上氨基酸的改变可引起相应位点抗原性的改变，但仅有个别位点的改变对空间结构产生影响。结论基于抗原性评估及三级结构分析，获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息，为PEA编码基因用于弱化抗原性靶向性毒素的构建奠定了基础。; 冯木林陶爱林邹泽红刘绮明伍秋容赖荷; 关键词：基因克隆抗原性聚合酶链反应

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广州市医药卫生科技项目(2006-YB-161)

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