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国家教育部博士点基金(20093704110001)

作品数:4 被引量:3H指数:1
相关作者:张庆刚时术华张怿慈王加磊孟现美更多>>
相关机构:山东师范大学山东建筑大学更多>>
发文基金:国家教育部博士点基金国家自然科学基金山东省自然科学基金更多>>
相关领域:理学生物学更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 3篇理学
  • 1篇生物学

主题

  • 4篇分子
  • 3篇动力学
  • 3篇分子动力学
  • 2篇动力学模拟
  • 2篇分子动力学模...
  • 1篇蛋白质折叠
  • 1篇抑制剂
  • 1篇制剂
  • 1篇势能函数
  • 1篇势能曲线
  • 1篇内水
  • 1篇组态相互作用
  • 1篇物理化学
  • 1篇相互作用
  • 1篇价电子
  • 1篇光谱参数
  • 1篇多肽
  • 1篇分析势能函数
  • 1篇分子力场
  • 1篇分子特性

机构

  • 3篇山东师范大学
  • 1篇山东建筑大学

作者

  • 3篇张庆刚
  • 1篇张少龙
  • 1篇段莉莉
  • 1篇孟现美
  • 1篇王加磊
  • 1篇张怿慈
  • 1篇时术华

传媒

  • 1篇现代化工
  • 1篇山东科学
  • 1篇Chines...
  • 1篇山东建筑大学...

年份

  • 1篇2013
  • 1篇2012
  • 1篇2011
  • 1篇2010
4 条 记 录,以下是 1-4
排序方式:
HIV-1蛋白酶与TMC114结合口袋内水分子作用的研究被引量:1
2010年
水分子在生物分子的稳定、动力学和功能方面发挥着重要作用。采用3ns分子动力学模拟,从不同侧面系统地研究了H IV-1蛋白酶与其抑制剂TMC114结合口袋内的五个水分子的功能作用。结果表明:水分子可以保持PR-TMC114的动力学和结构以及绑定特性的稳定;复合体的晶体结构和平均结构的比较表明W at301、W at2和W at5在分子动力学模拟过程中是守恒的;对氢键的分析证实W at301可以稳定PR与TMC114抑制剂柔性区域的结构,并且W at2和W at5能增强活动位点的稳定性。
时术华张庆刚
关键词:物理化学分子动力学
HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟被引量:1
2013年
采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1 PR的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解。
王加磊孟现美张庆刚张怿慈张少龙
关键词:CUDAAMBER
Analytical potential energy function and spectroscopy parameters for B^1Π state of KH
2011年
Multi-reference configuration interaction is used to produce potential energy curves(PECs) for the excited B1Π state of KH molecule.To investigate the correlation effect of core-valence electrons,five schemes are employed which include the different correlated electrons and different active spaces.The PECs are fitted into analytical potential energy functions(APEFs).The spectroscopic parameters,ro-vibrational levels,and transition frequencies are determined based on the APEFs and compared with available experimental and theoretical data.The molecular properties for B1Π obtained in this letter,which are better than those available in literature,can be reproduced with calculations using the suitable correlated electrons and active space of orbitals.
梁景娟杨传路王立志张庆刚
关键词:分析势能函数光谱参数组态相互作用分子特性价电子势能曲线
分子动力学模拟研究多肽Trp-cage的折叠机制被引量:1
2012年
蛋白质折叠是当前生物和化学领域研究的热点问题,是未来几十年物理、化学以及生物领域亟待解决的难题之一。简述了蛋白质折叠所面临的问题,以及传统分子力场缺陷及其改进方法,并以Trp-cage蛋白质为例介绍了国内外最近的研究进展。
段莉莉张庆刚
关键词:蛋白质折叠分子动力学模拟分子力场TRP-CAGE
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