国家自然科学基金(31000732)
- 作品数：6 被引量：32H指数：3
- 相关作者：商海红巩万奎袁有禄石玉真龚举武更多>>
- 相关机构：中国农业科学院棉花研究所华中农业大学西南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- Analyses of the NAC Transcription Factor Gene Family in Gossypium raimondii Ulbr.:Chromosomal Location,Structure,Phylogeny,and Expression Patterns被引量：25
- 2013年
- NAC 域蛋白质是知道在各种各样的植物起多样的作用的植物特定的抄写因素发展进程。在现在的学习，我们在 Gossypium raimondii Ulbr 执行了 NAC 基因家庭的第一全面研究，合并种系发生，介绍的 chromosomal 地点，基因结构，保存主题，和表示分析。我们识别了种系发生地被聚类进 18 个不同亚科的 145 NAC 抄写因素(NAC-TF ) 基因。这些， 127 NAC-TF 基因越过 13 个染色体被散布，(55%) 80 优先地被保留位于两个的副本复制了区域，六位于 triplicated chromosomal 区域。NAC-TF 基因的多数出现了时间 -- ，空间 -- ，并且织物特定的表示模式基于 transcriptomic 和 qRT-PCR 分析。然而，几副本基因的表示模式部分是冗余的，建议在他们的进化期间的 sub-functionalization 的出现。基于他们的 genomic 组织，我们结束了复制在 G 显著地贡献了到 NAC-TF 基因家庭的扩大的那 genomic。raimondii。他们的表示侧面的全面分析能在 G 在 NAC 基因家庭的成员之中提供新奇卓见进功能的分叉。raimondii。
- Haihong ShangWei LiChangsong ZouYoulu Yuan
- 关键词：染色体定位C结构域NACRT-PCR分析
- 三个陆地棉水孔蛋白基因的克隆与表达分析被引量：1
- 2013年
- 从陆地棉SSH-cDNA文库的测序结果中得到一条具有完整ORF的陆地棉水孔蛋白基因序列,将其命名为GhAQP2。以该基因编码的氨基酸序列为探针,在棉花EST数据库经同源搜索得到2个相似性较高的EST,利用RACE技术获得其全长cDNA序列,将其基因命名为GhAQP3和GhAQP4。基因结构分析发现GhAQP2和GhAQP3各有4个外显子,3个内含子;GhAQP4有3个外显子,2个内含子。生物信息分析表明3个基因编码蛋白均含有6个跨膜区,2个NPA结构域,其氨基酸序列具备MIP超家族典型的蛋白保守区序列特征。多序列比对发现3个基因的氨基酸序列与其他物种PIP2类水孔蛋白氨基酸序列具有很高的同源性。qRT-PCR分析表明,GhAQP2在纤维伸长后期优势表达,GhAQP3在下胚轴和子叶中高表达,GhAQP4在纤维伸长前期优势表达,推测3个基因在不同的组织中发挥作用。GhAQP2在20DPA优势表达,为研究该基因在纤维伸长向次生壁加厚期转化过程中的表达调控提供了重要信息。
- 李伟商海红王少干范森淼李俊文刘爱英石玉真龚举武巩万奎王涛白志川袁有禄
- 关键词：棉纤维水孔蛋白基因
- 亚洲棉(Gossypium arboreum L.)纤维次生壁加厚期NAC基因的鉴定与表达分析被引量：4
- 2016年
- 基于亚洲棉29729条纤维相关EST(Expressed sequence tag)序列和亚洲棉基因组序列,并结合雷蒙德氏棉(G.raimondii)NAC(NAM/ATAF/CUC)转录因子家族的研究结果,利用生物信息学方法,鉴定出143个亚洲棉NAC转录因子家族基因;利用实时荧光定量PCR技术对30个NAC转录因子构建表达图谱,鉴定出7个基因在亚洲棉纤维细胞次生壁加厚期优势表达,进一步明确了它们在亚洲棉、雷蒙德氏棉和陆地棉中的表达模式差异。利用RT-PCR(Reverse transcription-polymerase chain reaction)技术克隆得到了3个NAC基因全长c DNA,将其命名为Ga NAC20、Ga NAC09和Ga NAC69,初步的生物信息学分析发现Ga NAC20和Ga NAC09基因均含有3个外显子和2个内含子,Ga NAC69含有4个外显子和3个内含子,为进一步研究奠定了良好基础。
- 王中娜商海红陈婷婷巩万奎刘爱英李俊文石玉真龚举武葛群王琳李伟李鹏涛白志川于杰袁有禄
- 关键词：棉纤维NAC转录因子
- 陆地棉果胶甲酯酶GhPME6的克隆及功能分析
- 2014年
- 结合陆地棉SSH-cDNA文库的测序结果,与棉花EST数据库进行序列比对和分析,获得1条在棉纤维次生壁加厚期特异表达的EST序列,该序列编码果胶甲酯酶(PME)。利用RACE技术获得其全长cDNA序列,命名为GhPME6。基因结构分析表明,GhPME6包含1个长度为1560 bp的开放阅读框、2个外显子和1个内含子,编码含有519个氨基酸的蛋白。其氨基酸序列具有PMEI和Pectinesterase两个保守结构域。通过对不同棉属基因组中的PME6基因进行比对分析,发现PME6在进化过程中具有高度保守性。qRT-PCR分析显示,GhPME6在纤维发育次生壁加厚期大量表达,推测该基因可能对棉纤维比强度有重要影响。构建GhPME6基因的大肠杆菌表达体系,获得与预期大小一致的目的蛋白,为深入研究GhPME6对棉纤维比强度的影响奠定了基础。
- 王琳商海红李俊文王少干刘爱英石玉真龚举武巩万奎陈婷婷袁有禄
- 关键词：棉纤维果胶甲酯酶
- 棉花纤维次生壁加厚期基因的表达谱分析被引量：3
- 2011年
- 本研究以高纤维强度材料0-153和转基因抗虫棉sGK9708为亲本构建的高代重组自交系群体(F6:8)中纤维强度具有显著差异的两个系(高强材料69307和低强材料69362)作为材料,利用cDNA芯片技术,对纤维次生壁加厚阶段(15DPA和20DPA)的基因表达谱进行研究。共检测到差异表达基因3383个,占cDNA芯片基因序列的11.59%;并从中选择4个代表性基因利用荧光定量PCR进行验证,其表达模式与芯片数据一致,证明芯片结果可靠。通过次生壁加厚期标志基因的表达模式研究发现,两个材料纤维发育过程不同步,高强纤维材料比低强纤维材料晚进入次生壁加厚期。利用Blast2GO软件对差异表达基因进行富集分析表明,在15DPA到20DPA,寡糖或多糖等碳水化合物、类苯基丙烷和类黄酮合成等次生代谢、氧化还原、细胞信号转导等生物学过程中相关基因出现显著性富集。而且,这些差异表达基因在两个材料中的表达模式具有时间差异性。这种表达模式的差异可能是影响棉纤维强度性状的重要原因之一。本研究为棉纤维次生壁加厚相关基因的克隆奠定了基础,同时也为深入挖掘棉纤维品质性状重要基因,并将其用于棉纤维品质性状的改良奠定了基础。
- 计志斌商海红闫恒超王少干李俊文刘爱英石玉真龚举武巩万奎王涛袁有禄
- 关键词：棉花CDNA芯片表达谱纤维强度
- 陆地棉开花后20d纤维抑制性消减文库的构建及分析
- 2012年
- 本研究以高比强度纤维材料0-153和转基因抗虫棉sGK9708为亲本构建的高代重组自交系群体(F6:9)中选育出的高比强度纤维品系(69307)作为材料,利用抑制性消减杂交技术,以15DPA纤维为driver、20DPA纤维为tester,成功构建出陆地棉开花后20d纤维的cDNA消减文库。通过蓝白斑筛选、菌落PCR及反向Northern技术最终筛选出差异表达的阳性克隆340个。通过对阳性克隆测序及序列分析,共得到115个单一序列,其中35个重叠群,80个单拷贝。利用Blast2GO等对差异表达基因进行生物信息学分析,结果表明这些差异表达基因广泛参与糖类、脂类、氨基酸等物质的代谢,以及纤维素生物合成、细胞壁合成与修饰、氧化还原、细胞信号转导等生物学过程。
- 王少干商海红计志斌闫恒超李俊文刘爱英石玉真龚举武巩万奎王涛袁有禄
- 关键词：棉花棉花纤维次生壁纤维强度抑制性消减杂交
- 棉花纤维素合成与纤维品质的关系研究
- 本研究以优质陆地棉品系0-153及转基因抗虫棉品种sGK9708为亲本构建的重组自交系群体中的2个陆地棉(G.hirsutumL.)品系(高、低纤维断裂比强度系)、陆地棉标准系和一个海岛棉(G.barbadenseL.)...
- 范森淼商海红李伟李俊文龚举武石玉真刘爱英巩万奎王涛王道杰袁有禄
- 关键词：纤维品质重组自交系
- 文献传递
