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FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究: 2014年; 采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。6 ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系统更稳定,和试验中活性测试结果一致。两个系统的氢键计算显示,DBE-DNA在碱基Thy2、Gua3和Thy7′上和FoxO1形成了更多的高占有率的氢键,使得DBE-DNA和FoxO1结合得更加紧密。通过比较DNA构象参数,揭示了DNA序列在5′端小沟的压缩以及3′端大沟的扩张是有利于和FoxO1结合的优势构象。为从原子水平上理解FoxO1的调控机理提供了一定的理论依据。; 万华常珊; 关键词：FOXO1 DNA 分子动力学模拟

生物信息学高性能教学平台的建立与实践被引量：4: 2015年; 随着生命科学实验数据的高速积累和增长,生物信息学成为生命科学研究型人才必须掌握的重要技能。从高性能计算和生物信息学的关系入手,简述了生物信息学教学中采用高性能计算设备的必要性。根据农业院校的具体情况,在生物信息学教学中建立了高性能计算平台,帮助学生熟悉相关并行计算环境,更好地理解生物信息学重要的理论和算法。在课程安排上,理论课、实验课以及课程设计的内容围绕生物信息学案例展开。基于Moodle教学系统进行在线课程管理,培养学生的自主学习能力和团队协作意识,提高了学生运用高性能计算解决实际生物信息学问题的能力。; 常珊曾玲万华; 关键词：案例教学生物信息

全桡动脉波传导时间与动脉硬化参数的对比分析研究被引量：2: 2016年; 将测量和分析不同部位的外周动脉脉搏波波形,作为一种无创评估动脉僵硬度的方法,已经受到中外医学界的广泛重视。脉搏波传导时间已经被用来作为评价动脉僵硬度的有效指标,其无创评估动脉硬化的有效价值也得到重视。本文是通过容易获取的桡动脉波形计算全桡动脉脉搏波传导时间(FRPTT),将其与已经成熟的动脉僵硬度指标作对比分析研究,来判断FRPTT是否可以用来评估人体的动脉僵硬度。对248位合格样本人员的桡动脉脉搏波波形数据进行计算分析,同时测量其身高、体重、手腕处动脉血压,计算身体质量指数、桡动脉增益指数、射血时间、FRPTT。通过对采集到的20s时间内桡动脉波形进行二次微分,用自编的软件算法自动检测出点b(心脏开始射血点)和e(左心射血的停止点)的位置,计算FRPTT。通过对算出的FRPTT值与已知的心率、脉压、增益指数三个参数进行分析和比较,发现其与心率和增益指数两个参数(P<0.001)显著相关;另外,女性组的FRPTT值跟脉压显示弱的负相关性,男性组没有相关性。结果表明,FRPTT可以作为一个衡量动脉硬化的指标。; 吴全玉刘晓杰姚克明常珊李志勇; 关键词：波形分析法脉搏波传导时间动脉硬化

K-均值聚类算法在网络商城促销中的应用被引量：1: 2013年; 随着市场竞争的日益激烈,促销技术对于网络商城提升销售额至关重要。在对网络商城的访问日志和客户交易的历史数据分析基础上,采用K-均值聚类算法设计实现基于用户兴趣、基于用户消费偏好、基于用户价值的三种类型的促销策略,为企业提供可行的个性化促销决策支持模型。; 万华常珊涂淑琴; 关键词：数据挖掘 K-均值聚类算法

蛋白质分子多尺度模型的比较研究: 2015年; 多尺度模型是分析蛋白质结构-功能关系的有效方法。采用分子动力学和粗粒化模型从不同尺度分别计算了Pin1肽脯氨酰顺反异构酶的残基波动性,运动交叉相关和低频运动模式。两种模型均能较好描述实验结构附近的运动特征,而分子动力学方法更准确地模拟了突变后引起的构象变化。; 常珊史航; 关键词：分子动力学构象变化

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