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lncRNAs参与基因表达调控机制的研究进展被引量：7: 2014年; 长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一组内源性、长度超过200 nt、缺少特异完整的开放阅读框(open reading frame,ORF)、无或很少有蛋白编码功能的RNAs分子。近年来的研究发现,lncRNAs与许多重要的生物学过程相关,如基因组印记、细胞分化、免疫反应等。lncRNAs在表观遗传水平、转录水平和转录后水平等多个层面调节基因的表达,通过介导染色质重塑和组蛋白修饰、干扰转录、调节选择性剪接模式、生成小RNAs、调节蛋白质活性、改变蛋白质定位等方式,参与机体生长、发育、衰老及死亡等重要生命活动的调控。关于lncRNAs参与基因表达调控的机制有待进一步研究,这将有助于深入理解疾病的发病机制,为寻找疾病分子标记物、药物靶点提供新的方向。; 杨倩黄宏斌龚朝建熊炜曾朝阳李桂源; 关键词：表观遗传调控转录调控转录后调控

一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析被引量：5: 2014年; 最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297~KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719^-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.; 唐珂魏芳孛昊黄宏斌张文玲龚朝建李夏雨宋亚莉廖前进彭淑平向娟娟周鸣马健李小玲熊炜李勇曾朝阳李桂源; 关键词：长链非编码RNA 肝细胞癌基因克隆生物信息学

染色质免疫沉淀-测序:全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术被引量：5: 2013年; 染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法.随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段.本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况.; 梁芳徐柯龚朝建李俏马健熊炜曾朝阳李桂源; 关键词：基因调控表观遗传学

Toll样受体与非可控性炎症相关肿瘤被引量：4: 2015年; Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)是一类单一的、非催化的、具有较高同源性的模式识别受体,在天然免疫中发挥了重要作用,是连接天然免疫和特异性免疫的桥梁。Toll样受体在非可控性炎症相关肿瘤中的炎症微环境形成、免疫逃逸、侵袭和转移等方面均发挥了重要作用。深入研究Toll样受体在非可控性炎症相关肿瘤中的作用机制,可以为肿瘤的预防、早期诊断及治疗提供新的方向。; 欧春麟张含孙振强李桂源李小玲李夏雨; 关键词：TOLL样受体肿瘤

天然免疫分子乳铁蛋白抑制鼻咽癌的发生发展被引量：1: 2013年; 鼻咽癌（nasopharyngeal carcinoma,NPC）的发病具有明显的区域和人种聚集性,主要高发于中国南方和东南亚一些国家;鼻咽癌发病还具有明显的家族聚集性,有癌家族史的鼻咽癌患者约占10%,而且大部分发生在一级亲属中.明显的区域和人群聚集以及高比例的家族性发病提示遗传因素在鼻咽癌的发病过程中具有重要作用．; 黄宏斌邓敏郑瑛马健张文玲周艳宏廖前进熊炜李小玲曾朝阳李桂源; 关键词：鼻咽癌乳铁蛋白免疫分子发病过程聚集性

microRNAs与TP53基因调控网络研究进展被引量：20: 2012年; TP53基因(编码p53蛋白)作为一个重要的抑瘤基因,通过调控一系列信号转导通路广泛参与了多种恶性肿瘤的发生发展,一直是肿瘤分子生物学研究领域的热点.最近的研究发现,microRNAs(miRNAs)参与了TP53的信号通路,它们之间存在着复杂的调控网络.一方面,p53通过调控一些miRNAs的转录及转录后成熟,促进细胞周期阻滞、诱导细胞凋亡和衰老,抑制肿瘤发生.另一方面,许多miRNAs,如miR-25、miR-30d、miR-125b和miR-504等可直接调控p53的表达与活性,参与TP53信号通路的调节,还有一些miRNAs则通过调节p53上下游基因,发挥重要的生物学功能.其中,最具有代表性的是miR-34家族,它们受p53直接调控并参与TP53信号通路,通过靶向抑制多个TP53信号通路关键分子的表达,发挥抑瘤作用.此外,它们还可以通过抑制沉默信息调节子,增强p53的活性,反馈调节TP53信号通路.miRNAs与TP53之间调控网络的研究,是对TP53抑瘤机制的重要补充.; 龚朝建黄宏斌徐柯梁芳李小玲熊炜曾朝阳李桂源; 关键词：MIRNAS 信号通路转录

PLUNC蛋白家族在抑制鼻咽上皮“炎．癌”演进中的作用和机制被引量：2: 2014年; 人类鼻咽黏膜表面的分泌物中富含天然免疫蛋白,腭、肺及鼻咽上皮克隆(palate,lung and nasal epithelium clone,PLUNC)蛋白家族成员SPLUNC1和LPLUNC1就是其中的重要组成部分,这两个蛋白在鼻咽上皮相对特异高表达,它们都具有杀菌/渗透增强蛋白(bactericidal/permeability-increasing protein,BPI)结构域,可通过BPI结构域与细菌脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)结合从而直接杀灭或抑制细菌生长,也可以有效抑制EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)等致癌微生物对鼻咽上皮的侵袭从而发挥其免疫防御功能.它们还可以通过抑制IL-6等炎症因子的分泌和NF-κB、STAT3等炎症相关通路的激活,阻止鼻咽部的慢性炎症反应及鼻咽上皮的恶性转化.在鼻咽癌细胞中重新表达PLUNC蛋白,可以通过促分裂素原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)或miR-141-PTEN-AKT等信号通路抑制鼻咽癌细胞的增殖,促进鼻咽癌细胞的凋亡.进一步深入研究PLUNC蛋白家族在鼻咽癌发病中的作用机制,对指导鼻咽癌的防治具有重要的意义.; 魏芳李夏雨李小玲张文玲廖前进曾勇龚朝建周鸣马健熊炜沈守荣曾朝阳; 关键词：炎症鼻咽癌

MicroRNAs与非可控性炎症相关肿瘤被引量：6: 2013年; 非可控性炎症与肿瘤之间存在密切的联系,约25%的人类肿瘤是由于非可控性炎症所引起,在几乎所有的肿瘤微环境中存在炎症细胞浸润,炎症细胞及分子影响着肿瘤发生、发展的每一步。MicroRNAs(miRNAs)通过调控一些关键基因及其信号通路,参与了非可控性炎症相关肿瘤起始和进展过程的调控。深入研究miRNAs作用的分子机制,可能为肿瘤的预防、早期诊断及治疗提供新的策略。; 龚朝建张姗姗唐珂李夏雨向波向娟娟周鸣马健曾朝阳熊炜李桂源; 关键词：MICRORNAS 肿瘤

生物信息技术加速开发旧药新用途被引量：6: 2012年; 传统的技术路线研发新药,不仅周期很长而且耗资巨大,开发已获批准药物新的治疗用途,又称为药物重定位,比传统的新药研发具有明显的优势.基于芯片的基因表达谱分析,已常规地广泛用于各种人类疾病的临床研究,提供了在全基因组水平描述疾病状态的特征信号.同时,基因芯片也广泛地用于对比药物处理前后细胞基因表达模式的变化,这也提供了反映药物效应的高质量信号.最近出版的Science Translational Medicine杂志同时发表了一个研究组的两篇论文,为我们展示了如何利用生物信息学手段重新解析和比较全基因组基因表达谱数据,以高效地预测药物的新用途.这两篇论文使用了公共数据库中的100种疾病基因表达谱数据,以及164种药物处理前后细胞基因表达谱数据,通过比较和配对疾病与药物基因表达谱,得到了一些可以逆转疾病异常表达基因的药物,其中证实了一些已知的药物-疾病组合,也预测了一些新的药物-疾病组合.最后通过实验验证了抗溃疡药可用于治疗肺癌,而抗癫痫药可治疗炎症性肠道疾病,进一步证实了他们所采用研究策略的正确性.于是,肺癌和炎性肠道疾病这两种临床上难治的疾病有了新的候选治疗药物,我们也有了一种挖掘已有数据快速发现药物新用途的思路和方法.; 黄宏斌梁芳熊炜李小玲曾朝阳李桂源; 关键词：生物信息学基因表达谱

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