国家自然科学基金(81172136)
- 作品数：15 被引量：22H指数：3
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- 基于生物信息学的淋巴瘤相关蛋白T细胞因子4的性质及功能预测分析被引量：1
- 2020年
- 目的利用生物信息学软件分析淋巴瘤相关蛋白T细胞因子4(T cell factor 4,TCF4)的理化性质、空间结构、蛋白质修饰位点及蛋白相互作用关系。方法根据美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)蛋白数据库提供的人TCF7L2蛋白FASTA格式数据,使用ExPASy、SignalP 5.0 Server、TMHMM Server v.2.0、SOPMA、SWISS-MODEL、DISPHOS 1.3、PhosphoSitePlus、NetNGlyc 1.0、Uniprot数据库、NetOGlyc 4.0、YinOYang 1.2、STRING等软件对TCF4蛋白进行系统性分析。结果TCF4为一种碱性不稳定的亲水性蛋白,无信号肽,无跨膜区;二级结构的主要形式是无规卷曲;在7款软件(DISPHOS 1.3、PhosphoSitePlus、KinasePhos、Scansite、NetPhosk、Musite、PlantPhos)中,共有33个磷酸化位点被重复预测到;Uniprot数据库和NetOGlyc 1.0软件未预测到重复的N型糖基化位点,NetOGlyc 4.0和YinOYang 1.2软件显示共有2个O型糖基化位点被重复预测到;蛋白相互作用网络显示,与TCF4形成蛋白网络的6个蛋白(EP300、MYC、CREBBP、CTNNB1、NLK和AXIN2)涉及到Wnt信号通路。结论经多种软件对TCF4的性质及功能的预测,为淋巴瘤等相关疾病抑制剂的研发及其发病机制提供参考。
- 穆秀丽文朝朝孟涛涛王晰魏艳弓韬孙公勤张宏伟于保锋
- 关键词：T细胞因子4淋巴瘤生物信息学蛋白相互作用
- 构建靶向性载脂蛋白E修饰脂质体介导的HSVtk/丙氧鸟苷系统被引量：1
- 2015年
- 背景:自杀基因系统无选择性,不仅能杀伤癌细胞,对正常细胞也有同样作用,所以构建靶向性基因治疗载体成为迫切需要解决的问题。目的:评价载脂蛋白E修饰脂质体(apo E-lipoplexes)介导TK/丙氧鸟苷自杀基因质粒转染对Li-7肝癌细胞的杀伤效果。方法:apo E-lipoplexes包裹p AFP-TK-IRES2-EGFP真核表达质粒转染Li-7细胞,筛选HSVtk稳定表达细胞克隆(Li-7-tk),荧光显微镜观察增强型绿色荧光蛋白表达,Western blotting检测HSVtk基因表达,MTT法评价HSVtk/丙氧鸟苷系统对Li-7肝癌细胞的杀伤作用。结果与结论:自杀基因质粒转染Li-7细胞经筛选得到稳定克隆(Li-7-tk),HSVtk/丙氧鸟苷系统作用于Li-7细胞后,细胞凋亡明显增加(P<0.01)。在甲胎蛋白阳性的Li-7肝癌细胞中,自杀基因载体稳定表达并有效杀灭癌细胞。
- 张悦红高然朋于保锋王惠珍张栋弓韬郭睿王海龙程牛亮解军牛凯秦琴徐钧
- 关键词：脂质体甲胎蛋白肝癌细胞增强型绿色荧光蛋白
- 新型肿瘤免疫抑制靶点唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15的生物信息学预测被引量：2
- 2021年
- 目的预测唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15(sialic acid binding Ig like lectin-15,SIGLEC-15)的生物学信息。方法应用多种生物信息学工具对SIGLEC-15的理化性质、组织表达特异性、亚细胞定位、空间结构、翻译后修饰位点、蛋白相互作用等进行预测,同时建立SIGLEC-15的系统进化树,并进行分析。结果 SGLEC-15是一种碱性不稳定蛋白,具有亲水性,含有信号肽结构。SGLEC-15具有1个跨膜结构域,主要定位于细胞外(34.80%)、细胞膜(30.40%)、内质网(21.70%)和高尔基体(13.00%),在正常细胞及癌细胞中均有表达。SGLEC-15的高级结构弹性较大,拥有2个N-糖基化位点,1个O-糖基化位点及8个可能的蛋白磷酸化位点。SGLEC-15与TYROBP等4个蛋白具有高置信度的相互作用关系。人类SIGLEC-15与猩猩、白狨猴等灵长类动物SIGLEC-15的同源性最高,在脊椎动物进化过程中相对保守。结论 SIGLEC-15可作为肿瘤免疫抑制的靶点,为进一步肿瘤免疫疗法的研究奠定了基础。
- 文朝朝王晰魏艳李文龙王海龙郭睿赵虹张栋弓韬于保锋
- 关键词：肿瘤生物信息学
- 靶向药物联合应用对肝癌细胞SK-Hep-1增殖的影响及其机制
- 2022年
- 目的探讨靶向药物联合应用对多驱动基因调控增殖的肝癌细胞SK-Hep-1的影响及作用机制。方法利用对肝癌细胞SK-Hep-1敏感的靶向药物(HG6-64-1、dasatinib、crizotinib、sunitinib)绘制单靶点动力学分析曲线和双相分析曲线,对SK-Hep-1细胞进行动力学分析;Western blot法检测这些靶向药物对SK-Hep-1细胞关键信号通路的影响;MTT法检测这些药物单用和联合应用对SK-Hep-1细胞增殖的影响。结果与单靶点动力学分析曲线比较,双相分析曲线可更好拟合靶向药物对肝癌细胞SK-Hep-1的影响,并且预测出HG6-64-1、dasatinib和MK-2206三药联合应用能有效抑制SK-Hep-1细胞增殖。结论双相动力学分析可以更好地定量描述多驱动增殖的肝癌细胞SK-Hep-1对靶向治疗的反应,联合使用HG6-64-1、dasatinib和MK-2206是治疗肝癌潜在的药物组合。
- 朱晓霞贾瑜琦刘畅弓韬李高鹏张宏伟于保锋
- 关键词：靶向药物药物联合
- 载脂蛋白E修饰脂质体介导pGenesil-1质粒高效转染HL-7702肝细胞
- 2015年
- 我们将肝靶向蛋白载脂蛋白E（apoE）与脂质体结合[1-2],构建apoE修饰脂质体（apoE-lipoplexes）,提高基因对肝细胞的转染效率.
- 于保锋高然朋李春锋莱智勇牛凯秦琴解军徐钧
- 关键词：载脂蛋白E脂质体介导肝细胞质粒APOE转染效率
- Construction of plasmid vector pAFP-HSVtk-IRES2-EGFP and its effect on the cytotoxicity of ganciclovir to hepatocellular carcinoma被引量：6
- 2014年
- Lai ZhiyongQin QinYu BaofengXie JunGao RanpengZhang TiantianLi ChunfengNiu KaiXu Jun
- 关键词：WESTERN印迹法自杀基因DNA复制
- 载脂蛋白ApoE修饰脂质体对肝癌细胞的靶向转染被引量：3
- 2014年
- 目的 将载脂蛋白E （ApoE）和普通脂质体（Lipoplexes）耦联,构建一种具有肝癌细胞靶向性的基因转运载体ApoE-Lipoplexes,以提高转染效率.方法 将ApoE与Lipoplexes耦联,形成ApoE-Lipoplexes,分别用两种载体包裹pGenesil-1质粒并转染HepG2和Huh-7肝癌细胞,用倒置荧光显微镜观察增强型绿色荧光蛋白（EGFP）的表达,并用流式细胞仪检测转染效率,比较两种载体对肝癌细胞的转染效率.结果 构建了粒径150 nm的Lipoplexes和ApoE-Lipoplexes两种脂质体,Lipoplexes对HepG2和Huh-7的转染效率分别为（4.7±1.4）％和（21.0±0.6）％,ApoE-Lipoplexes的转染效率分别为（13.8±1.8）％和（51.5±1.8）％,ApoE-Lipoplexes对肝癌细胞的转染效率显著高于Lipoplexes（P＜0.05）.结论 成功构建一种对肝癌细胞具有较高转染效率的非病毒基因转运载体.
- 秦琴莱智勇高然朋牛凯于保锋解军徐钧
- 关键词：基因治疗载脂蛋白E靶向治疗
- 顺铂联合HSV-tk自杀基因对肝癌细胞HepG2的生长抑制作用被引量：1
- 2015年
- 目的研究HSV-tk自杀基因联合顺铂对人Hep G2细胞株的杀伤作用。方法使用脂质体携带p AFP-TK-IRES2-EGFP质粒转染Hep G2细胞;Hep G2细胞在转染HSV-TK基因后,继续添加顺铂,用CCK-8试剂检测HSV-tk基因联合顺铂对Hep G2细胞杀伤效果。结果重组质粒p AFP-tk-IRES2-EGFP成功转染Hep G2肝癌细胞;HSV-tk自杀基因联合顺铂对Hep G2细胞的杀伤作用大于单独使用顺铂或HSV-tk自杀基因(P<0.05)。结论实验成功评价了顺铂联合HSV-tk自杀基因对Hep G2肝癌细胞株的杀伤效果,为肝癌的临床治疗方法提供了实验依据。
- 张继宏莱智勇张甜甜徐钧
- 关键词：肝肿瘤顺铂胸苷激酶
- 肿瘤免疫调控新靶点YTHDF1蛋白分子结构及生物学功能分析被引量：1
- 2021年
- 目的分析肿瘤免疫调控新靶点YTH N6-甲基腺苷(m6A)RNA结合蛋白1[YTH N6-methyladenosine(m6A)RNA binding protein 1,YTHDF1]的分子结构及生物学功能。方法应用NCBI、ExPASy、SignalP、PSORTⅡ、SOPMA、STRING、SWISS-MODEL等软件工具分析YTHDF1蛋白的理化性质及其生物学功能,并通过MEGA 7软件建立YTHDF1蛋白的系统进化树。结果YTHDF1是一种不稳定的碱性亲水蛋白质,无信号肽,无跨膜区;YTHDF1在多种肿瘤中高表达,在胃肠道肿瘤中表达最高;YTHDF1可能部分或更多定位在细胞核中;YTHDF1的二级结构主要由无规则卷曲构成;与YTHDF1相互作用的蛋白质包括WTAP、METTL3、FTO、METTL14、ALKBH5,YTHDF1主要参与RNA的转录后修饰、mRNA剪切的调控及DNA损伤修复反应。YTHDF1蛋白在进化过程中高度保守。结论YTHDF1可能在细胞质中通过识别m6A提高蛋白翻译来促进肿瘤发生,也可能在细胞核中通过其他机制促进肿瘤发生。
- 王晰文朝朝魏艳王海龙郭睿赵虹张栋弓韬于保锋
- 关键词：肿瘤分子结构生物学功能
- 调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子的筛选与初步鉴定被引量：1
- 2019年
- 目的:利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of esophagogastric junction,AEG)增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法:提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常黏膜组织的RNA。采用RNA高通量测序(测序深度200×),利用生物信息分析云平台进行差异基因筛选,同时对差异表达的基因构建共表达网络和circRNAs-miRNAs-mRNAs间的内源性RNA竞争机制(ceRNA)网络;利用RNA图谱共表达网络构建和内源性竞争RNA负相关分析,筛选出在AEG发生过程中可能发挥关键作用的circRNAs。并预测可与该circRNA存在ceRNA关系的miRNAs和mRNAs;通过qRT-PCR等方法对该circRNA在胃癌组织、癌旁组织中的表达进行验证。结果:通过RNA高通量测序,共预测得到46553个circRNAs,对测序数据进行严格质控,得到26个差异表达的circRNAs(fold change≥2或fold change≤0.5,false discovery rate<0.05),其中10个circRNAs表达上调,16个circRNAs表达下调。对组织样本进行m RNA和miRNA测序分析,构建circRNAs-miRNAs-mRNAs间的ceRNA网络、RNA图谱共表达网络和内源性竞争RNA负相关分析。结果表明,hascirc0007766在AEG肿瘤组织中特异性高表达,可能在AEG发生发展过程中起关键作用;同时发现,miR4492与circRNA0007766和MET mRNA均有结合位点。结论:hascirc0007766可能通过miR4492-circRNA0007766-MET m RNA的ceRNA网调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭,是AEG发生发展的关键circRNA。
- 徐钧赵宇翔莱智勇张毓
- 关键词：食管胃结合部腺癌肿瘤发生
