中国科学院科研装备研制项目(YZ200823)
- 作品数：5 被引量：54H指数：2
- 相关作者：李运涛俞育德周晓光于军任鲁风更多>>
- 相关机构：中国科学院中国极地研究中心更多>>
- 发文基金：中国科学院科研装备研制项目国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学电子电信一般工业技术更多>>
- 应用于单分子测序的纳米微结构器件被引量：1
- 2012年
- 基因测序技术是现代最为重要的生物医学研究手段之一,单分子测序技术作为最新一代测序技术被广泛研究,并形成了微纳制造、光电子、微流控和分子生物学等多学科的交叉探索和多种技术创新的有机结合.文章系统总结了应用于单分子测序的纳米微结构器件的原理和功能,重点阐述了零模波导器件和纳米孔器件在单分子测序中的作用以及制备工艺,从器件的角度提出了单分子测序技术所面临的挑战.
- 李运涛任鲁风周晓光于军俞育德
- 应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecola mesophila sp.nov.的全基因组测序和组装被引量：1
- 2011年
- BIGIS-4是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪.本实验利用BIGIS-4完成了对Glacielola mesophila sp.nov.(Gmn)的全基因组测序.Gmn是一株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌.BIGIS-4测序得到152043个高质量的测序片段,平均读长406bp.测序片段由BIGIS-4系统后处理模块组装.除单核苷酸同聚体引起的测序错误外,测序结果中没有检测到其他低质量错误.Gmn基因组全长5144318bp,共注释得到4303个基因,其中有大量的代谢基因,与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关.Gmn的冷适应和信号转导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据.
- 袁丽娜任鲁风李运涛韩伟静俞勇楚亚男刘贵明于丹滕明静王亮王绪敏周晓光俞育德于军
- 关键词：SP.NOV
- 一种应用于高通量生物检测的皮升级微反应池芯片被引量：1
- 2013年
- 基于高通量皮升级微反应池的焦磷酸测序技术以其测序读长长的优势,在测序领域有着不可替代的位置.在高通量焦磷酸测序过程中,微反应池之间的光学串扰以及微反应池中的化学残留严重影响测序原始图像的信噪比,限制了测序的读长及准确性.本研究通过在微反应池侧壁分别选择性蒸镀钛和铝金属膜,有效地将相邻微反应池之间的平均光学串扰率降低约一个数量级.此外,通过在微反应池表面蒸镀二氧化硅层,显著地改善了微反应池表面物理形貌,有效地减少了微反应池中的化学残留.表面蒸镀钛-二氧化硅的微反应池光学串扰低、化学残留少,可应用于高通量焦磷酸测序等相关领域.
- 韩伟静袁丽娜魏清泉李运涛任鲁风周晓光于军俞育德
- 关键词：表面镀膜
- 一种基于SU8聚合物的基因测序芯片被引量：2
- 2013年
- 基因测序技术极大地推动了生物学和医学研究的发展.结合了焦磷酸测序原理及阵列式微反应池芯片的高通量测序仪在从头测序和宏基因组测序方面有着不可替代的作用.本文首次提出并研制了一种基于SU8聚合物的基因测序芯片.选择了高传输效率、低耦合损耗的光纤面板作为基片,通过改善SU8均匀性及释放应力,在光纤面板上成功制备出百万数量级阵列式微反应池;设计并制作侧壁镀膜装置,实现了SU8阵列式微反应池侧壁选择性光学薄膜蒸镀,有效地提高了微反应池的光学隔离度,将相邻微反应池之间的光串扰率平均值从25%降低到了1%,满足了高通量焦磷酸测序对测序芯片独立并行传输弱光信号的要求.基于SU8聚合物的基因测序芯片制备工艺简单、成本低廉,具有良好的应用前景.
- 韩伟静魏清泉李运涛周晓光俞育德
- 关键词：DNA测序光纤面板
- 下一代测序技术:技术回顾与展望被引量：49
- 2010年
- 在过去的30年中,作为最重要的生物医学研究手段之一,DNA测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也演变成为一个面向工程学和物理学的新技术领域.本文分析了下一代测序仪的技术特点,并对其未来的发展以及应用进行了前瞻性的展望.预期在刚刚出现的技术中,有些技术假以时日能够发展成熟,实现1000美元基因组和100美元基因组的目标.同时建议中国科学家在这场对科学研究以及社会医疗保健体系都将产生深远影响的运动中发挥积极的作用.
- 周晓光任鲁风李运涛张猛俞育德于军
- 关键词：基因组学DNA测序测序仪
