国家杰出青年科学基金(31001003)
- 作品数：6 被引量：7H指数：2
- 相关作者：张传生耿立英李祥龙陈娟刘铮铸更多>>
- 相关机构：河北科技师范学院河北农业大学中国农业科学院北京畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：河北省自然科学基金国家杰出青年科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 坝上长尾鸡原始生殖细胞的分离、培养与鉴定被引量：1
- 2016年
- 为了研究坝上长尾鸡的原始生殖细胞（primordial germcell，PGCs），试验分别从孵化至13-15期的坝上长尾鸡鸡胚血液和5．5d的鸡胚生殖嵴中分离得到PGCs，接种于24孔培养板，以鸡胚成纤维细胞（CEF）为饲养层，添加细胞因子的培养体系，在温度37℃、95％空气和5％CO2培养箱中进行体外培养和传代，借助组织化学及免疫组织化学方法进行染色，并采用PAS（高碘酸希夫氏染色）、AKP（碱性磷酸酶染色）以及SSEA-1等方法进行鉴定。结果表明：PGCs集落有典型的鸟巢状结构，且PAS、AKP以及SSEA-1染色呈阳性。
- 耿立英赵书雨张传生李祥龙刘小辉陈娟潘素敏彭永东王茂森
- 关键词：体外培养
- 鸡mir-1658前体基因多态性分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列(Gen Bank登录号:NR_035151.1)设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡(95只)、北京油鸡(83只)和来航鸡(42只)3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用mi Randa软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5%位点有g.28 C>G、g.31C>T、g.70 G>A和g.71 G>–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G>A位点表现为低度多态(PIC<0.25),其余3个位点均表现为中度多态(0.25T、g.71 G>–位点、太行鸡的g.71 G>–位点以及北京油鸡的g.70 G>A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1(C C G–)和H11(G T G G)是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高(41.00 kcal·mol-1),H2和H5单倍型突变体的自由能最低(35.70 kcal·mol-1);群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol-1。gga-mir-1658基因不同单倍�
- 耿立英张传生赵书雨陈娟巩元芳刘铮铸朱文进李祥龙
- 鸡mir-1644基因“seed”区的T>C多态分析被引量：1
- 2011年
- 【目的】观察"seed"区T>C多态对鸡mir-1644基因"茎环"结构和靶基因选择的影响,分析其在不同鸡群的遗传分布,为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测,采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变,稳定性降低;②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因,与其它鸡间的基因型分布存在显著差异(P<0.01)。【结论】"seed"区T>C突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控,且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。
- 耿立英张传生尹春光曹顶国杜立新陈娟
- 关键词：SEED单核苷酸多态
- 北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析被引量：2
- 2016年
- 【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其mi RNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营养水平和环境条件下饲养,42日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取3只个体(体重接近群体均值),取其一半脾脏组织制作石蜡切片,利用H.E.染色,显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小RNA,等量混合组成2个RNA池,构建c DNA文库,利用Solexa平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用Mireap软件预测新mi RNAs基因。利用RPKM(reads per kb per million reads)方法计算基因的表达量,根据FDR(false discovery rate)<0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因。利用Target Scan和Pictar软件预测差异表达mi RNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG数据库功能注释。利用DAVID软件对靶基因蛋白进行富集分析。将预测靶基因与已知脾脏重和脾脏指数相关QTL区域注解的基因取交集。【结果】在42日龄,北京油鸡的体重和脾脏重均显著高于来航鸡(P<0.01)。组织学观察显示,两个鸡种的脾脏组织结构发育完整,可见清晰的白髓、红髓、脾小结和动脉周围淋巴细胞鞘。与来航鸡相比,北京油鸡脾小体的数量更多、动脉周围淋巴鞘更厚,鞘内淋巴细胞也更为密集。高通量测序在两组样本共鉴定出486种已知mi RNA、130个候选mi RNA和216个共表达mi RNA。两组间显著差异表达的mi RNA共计35种,其中在北京油鸡中有8个表达上调,27个表达下调,它们的变化倍数在1.002—10.41之间。差异基因表达丰度在前5位的mi RNA是mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p,对其2 767个靶基因的生物信息�
- 耿立英潘素敏陈娟朱文进巩元芳刘铮铸彭永东赵书雨张传生李祥龙
- 关键词：脾脏MICRORNA差异表达基因
- 北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达基因的筛选与分析被引量：1
- 2017年
- 为筛选北京油鸡和来航鸡脾脏组织中与抗病力差异相关的候选基因和信号通路,本研究采用高通量测序技术,构建了42日龄北京油鸡(抗病力较强)和来航鸡(抗病力相对较弱)脾脏组织的数字基因表达谱,对差异表达基因进行了GO功能分类、KEGG信号通路分析和STRING互作网络构建,并利用荧光定量PCR验证了部分差异表达基因。结果表明,以来航鸡为对照组,北京油鸡与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1335个基因,其中693个上调表达,643个下调表达,包括多个与淋巴细胞的激活、分化和增殖、免疫器官发育等相关的基因,主要涉及到结合功能、细胞组成、细胞加工和生物学调节等功能。对通路显著性分析发现,与免疫相关生物学通路共有4个,其中BCR信号和TLR信号涉及脾脏B细胞介导的体液免疫应答反应,两条通路上的差异表达基因构成1个相互连接的互作网络,其中D79B、CD44、IL1B、SOCS1及TLR4等位于重要节点位置。为今后挖掘新基因和研究影响鸡抗病力的遗传因素等提供理论依据。
- 耿立英巩元芳刘铮铸张健朱文进赵书雨张传生李祥龙
- 关键词：脾脏高通量测序抗病性
- 太行鸡脾脏SRBC免疫应答基因的筛选与分析被引量：2
- 2016年
- 为筛选太行鸡脾脏组织中绵羊红细胞(sheep red blood cell,SRBC)免疫应答的关键基因和信号通路,本研究采用高通量测序技术,构建了太行鸡SRBC免疫组和对照组脾脏组织的数字基因表达谱,对差异表达的基因进行筛选与注释、GO分析和通路的功能显著性富集以及差异基因编码蛋白的互作网络分析。结果表明:太行鸡在免疫6 d后的SRBC抗体滴度平均值为7.653;与对照组相比,差异倍数在2倍以上的共有1 108个基因,其中496个上调表达,612个下调表达,412个上调基因只在免疫组表达,537个下调基因仅在对照组表达;上调基因主要涉及T细胞激活、淋巴细胞增殖和单核细胞增殖等生物学过程,下调基因主要参与免疫效应、防御效应、炎性效应、先天性免疫效应生物学过程;在分子注释系统数据库中注释到的免疫相关的显著调控通路有12条,包括抗原的加工递呈、Toll样受体信号通路、沙门氏菌感染、HTLV-Ⅰ感染和单纯疱疹病毒感染等;56个差异基因编码的蛋白产物存在相互作用,其中16个基因位于网络中心节点,部分差异基因与SRBC相关QTL重叠。初步认为抗原加工与递呈的MHCⅡ类分子途径、T细胞激活等调控通路及RAG2、FOS、MHC B-LBⅢ、HSP90AA1、CXCR4和HSPA8等基因可能是参与调控太行鸡SRBC免疫应答的重要信号通路和基因,但其功能和影响还有待于深入研究。
- 耿立英张传生李祥龙赵书雨
- 关键词：脾脏绵羊红细胞差异表达基因
