国家自然科学基金(11261066)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 相关作者：张静李凌波陈丹杨敏更多>>
- 相关机构：云南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金云南省教育厅科学研究基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取被引量：3
- 2013年
- 基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段。借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法。鉴于肿瘤基因表达谱样本数据维数高、样本量小以及噪音大等特点,提出一种结合支持向量机应用平均影响值来寻找肿瘤信息基因的算法,其优点是能够搜索到基因数量尽可能少而分类能力尽可能强的多个信息基因子集。采用二分类肿瘤数据集验证算法的可行性和有效性,对于结肠癌样本集,只需3个基因就能获得100%的留一法交叉验证识别准确率。为避免样本集的不同划分对分类性能的影响,进一步采用全折交叉验证方法来评估各信息基因子集的分类性能,优选出更可靠的信息基因子集。与基它肿瘤分类方法相比,实验结果在信息基因数量以及分类性能方面具有明显的优势。
- 李凌波张静陈丹
- 关键词：基因表达谱秩和检验支持向量机
- 基于转录调控模体的人不同组织基因差异性的统计分析
- 2014年
- 转录调控是基因表达调控的主要过程,而转录调控模体使用的差异性可能是导致基因组织特异性的因素之一。本文提出一种不同组织基因调控差异性的统计分析方法,首先结合泊松分布和主成分分析提取基因启动子中过表达模体作为潜在的转录因子结合位点。基于这些位点通过Wilcoxon秩和检验获得不同组织基因结构的差异性。再用超几何分布确定出现次数显著的模体作为组织基因的特有模体,并分析特有模体的碱基特征及在启动子序列中的位置分布。将特有模体与TRANSFAC数据库进行对照,得到潜在的调控组织特异性基因的转录因子结合位点。以人管家基因及30个组织特异性基因为分析对象,得到不同组织调控模体使用的差异性信息。
- 杨敏张静
- 关键词：泊松分布主成分分析秩和检验
