国家自然科学基金(30570429)
- 作品数：3 被引量：7H指数：1
- 相关作者：胡薇冯正杨忠魏东芝王玮更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心华东理工大学上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的生物信息学鉴定与分析被引量：5
- 2007年
- 目的鉴定日本血吸虫中存在的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,分析其蛋白结构特征。方法采用双向同源比对、结构域搜索和系统发育分析等生物信息学手段,在已有转录组和蛋白质组数据基础上鉴定日本血吸虫的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,并采用同源建模方法获得日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的结构特征。结果获得了2条腺嘌呤磷酸核糖转移酶的同源蛋白序列;分析了这2条序列的EST丰度、理化性质及蛋白三维结构等信息。结论日本血吸虫至少存在2个腺嘌呤磷酸核糖转移酶的异构体。
- 杨忠胡薇苏谨马骊李亦学冯正魏东芝
- 关键词：日本血吸虫生物信息学
- 日本血吸虫腺苷脱氨酶基因的克隆和融合表达被引量：1
- 2007年
- 目的克隆和表达日本血吸虫(Sj)腺苷脱氨酶(ADA)编码基因,分析该基因的系统发育及预测其编码蛋白的空间结构。方法根据表达序列标签(EST)测序的结果设计引物,PCR法从含有SjADA基因的cDNA克隆中扩增得到该编码基因片段,亚克隆入原核表达载体pET32中表达,表达的融合蛋白用螯合琼脂糖凝胶FF亲和层析纯化。采用MrBayes算法构建系统发育进化树,用自动蛋白注释工具(DS GeneAtlas)软件模拟SjADA的蛋白空间结构。结果获得SjADA基因全长为1 059 bp的编码序列,并克隆、表达和纯化了重组蛋白(SjADA)。生物信息学分析显示,该基因与曼氏血吸虫的同源基因之间的序列一致性仅25%,属于不同的亚家族。其空间结构与PDB模板1A4M的一致性为41%,具有相似的二级结构和相应的活性位点残基。结论获得了SjADA重组蛋白。提示日本血吸虫嘌呤补救合成代谢途径与曼氏血吸虫有差异。
- 杨忠徐斌王玮冯正魏东芝胡薇
- 关键词：日本血吸虫嘌呤代谢腺苷脱氨酶
- 日本血吸虫乙醛脱氢酶全长基因编码序列的预测、验证与分析被引量：1
- 2008年
- 目的利用生物信息学和实验相结合的方法,补平已知拼接序列中的缺失片段,获得日本血吸虫乙醛脱氢酶全长基因编码序列。方法通过生物信息学方法从已公开发布的日本血吸虫转录组数据库中提取乙醛脱氢酶表达序列标签(EST)序列数据,与其他物种的同源基因进行多序列联配,寻找分别与同一蛋白氨基酸序列的N端和C端配对的序列;设计引物,用RT-PCR扩增得到全长基因中间的缺失片段并测序。最终获得全长基因序列,并分析该蛋白的理化性质。结果找到日本血吸虫乙醛脱氢酶基因的可能EST序列片段8条,对其中的1对EST序列(AAW27891和AAW27047对应的氨基酸序列,中间缺少约80个氨基酸)进行blastn比对结果,预测为同一基因的2条片段。根据这两对EST序列设计正、反向引物,通过PCR扩增、对扩增产物进行测序及序列的生物信息学鉴定,找回了缺少的核酸序列,并与预测序列大小大致吻合(430bp)。组合成1条完整的日本血吸虫乙醛脱氢酶基因的编码序列(提交GenBank,其登录号为EF503564)。ORF全长为1596bp,编码531个氨基酸,编码的蛋白相对分子质量理论值为Mr57330.7,pI值为7.94,此序列的290～297位氨基酸与乙醛脱氢酶的模式序列[LIVMFGA]-E-[LIMSTAC]-[GS]-G-[KNLM]-[SADN]-[TAPFV]相匹配。结论利用生物信息学和实验相结合的方法,可以补平已知拼接序列中的缺失片段,获得日本血吸虫乙醛脱氢酶的全长基因编码序列。
- 王玮刘德立胡薇冯正杨忠
- 关键词：日本血吸虫乙醛脱氢酶生物信息学
