国家自然科学基金(30570425)
- 作品数：3 被引量：42H指数：2
- 相关作者：邓明华侯琳钱敏平朱云平杨良怀更多>>
- 相关机构：北京大学军事医学科学院浙江工业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- k-gram方法识别microRNA前体被引量：9
- 2007年
- MicroRNAs(miRNAs)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列.第一个miRNA是通过实验手段发现的,然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此,miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的miRNA前体的识别方法.在构造识别模型中,把初级序列和序列二级结构相结合,采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中,然后通过特征选取方法提取特征,并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型.同时,采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较.实验结果表明,该方法是有效的,可以达到较高的敏感性和特异性.
- 杨良怀吕丕明陈立军邓明华
- 关键词：MICRORNA基因识别支持向量机隐马尔可夫模型
- 利用PLS-VIP方法筛选差异表达基因(英文)被引量：2
- 2009年
- 提出一种基于变量权重寻找差异表达基因的新方法。该方法的最终目的是从微阵列数据中抽取出核心变量(基因)。将该种方法抽取出的差异表达基因判别样本的能力和普通的PLS方法以及判别最小二乘方法进行比较,结果表明该方法的错误率明显低于其他两种传统方法。因此,PLS-VIP方法是一种较为合适的抽取差异表达基因并判别样本的方法。
- 韩放吴晶辰徐江峰邓明华
- 关键词：微阵列差异表达基因降维
- 转录因子结合位点生物信息学研究进展被引量：31
- 2009年
- 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。
- 侯琳钱敏平朱云平邓明华
- 关键词：转录因子结合位点生物信息学位置权重矩阵
