国际科技合作与交流专项项目(2007DFA30990)
- 作品数：12 被引量：393H指数：9
- 相关作者：陈士林陈科力刘震刘义梅罗焜更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院湖北中医药大学湖北中医学院更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目卫生行业科研专项卫生部卫生公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 重楼属药用植物DNA条形码鉴定研究被引量：156
- 2010年
- 为评价DNA条形码候选序列对重楼属药用植物的鉴定作用,探讨重楼属药用植物鉴定新方法,本研究对重楼属11个物种17份样品的psbA-trnH、rpoB、rpoC1、rbcL、matK和核ITS2序列进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,进行barcoding gap分析,采用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果显示,ITS2序列在所研究的重楼属药用植物中的扩增和测序效率均为100%,其种内种间变异、barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,ITS2序列在重楼属中的鉴定成功率达到100%,而生物条形码协会(CBOL)植物工作组推荐的matK和rbcL序列的鉴定成功率分别为52.9%和5.9%,二者联合鉴定能力没有提高,对于ITS2序列扩大至29个物种67份样品依然具有100%的鉴定成功率。实验结果表明,ITS2序列能够准确鉴定重楼属药用植物,可以作为潜在的药用植物通用条形码序列。
- 朱英杰陈士林姚辉谭睿宋经元罗焜鲁静
- 关键词：重楼属DNA条形码ITS2药用植物
- 基于杜娟属植物的DNA条形码序列筛选被引量：11
- 2009年
- 我国的杜鹃属有毒植物约在60种以上,如羊踯躅等药用植物具有强毒付作用,而目前杜娟属的分类十分复杂。DNA barcoding技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但是目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。本文对杜娟属257个物种ITS、ITS2、matK、PsbA-trnH序列比较,运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的变异性,然后用Taxon DNA软件评估这四个序列的barcoding gap。筛选适合于杜娟属的DNA条形码序列。分析结果表明:matK和psbA-trnH并不适合于杜娟属的DNAbarcoding鉴定。ITS2和ITS序列都可以有效的对杜娟属植物进行DNA barcoding鉴定,但ITS在物种中的扩增效率较低,因此推荐将ITS2序列作为一个潜在的杜娟属植物DNA barcoding鉴定候选序列。
- 石林春梁宗锁韩建萍宋经元姚辉朱英杰陈士林
- 关键词：DNABARCODINGITS2MATK
- 中药鉴定学基源鉴定方法探讨被引量：7
- 2014年
- 基源鉴定是中药鉴定学的核心内容之一。原植物、性状、显微、理化等四大鉴别法都可用于中药的基源鉴定,确定中药的品种,但各种方法的作用和特点不同。其中原植物和原动物鉴定是其它基源鉴定方法的基础。DNA分子标记是新发展的基源鉴定方法,由于不受环境因素、组织类型和发育阶段的影响而具有稳定性和客观性;其中DNA条形码技术由于具有通用性和国际共享的平台而成为中药基源鉴定实用和强大的武器。对于经过提取的中药提取物和中药制剂的原料药,色谱和色谱-光谱联用技术目前是基源鉴定的最佳选择。
- 刘义梅
- 关键词：中药鉴定学分子标记技术DNA条形码
- 葫芦科植物通用DNA条形码的筛选被引量：25
- 2011年
- 目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。
- 李妮陈士林刘义梅陈科力
- 关键词：DNA条形码葫芦科PSBA-TRNHMATKRBCLITS2
- 基于芸香科的植物通用DNA条形码研究被引量：100
- 2010年
- 植物DNA条形码研究是近10年来进展最迅速的学科之一,其通用序列的筛选一直是该领域研究的热点问题.2009年,生命条形码联盟植物工作组推荐rbcL+matK组成复合序列作为植物通用条形码,但其研究对象中近缘属、种较少,且物种水平鉴定成功率仅为72%,所以仍在进行验证和新序列的研究工作.本研究选取nrDNAITS2序列,利用其具有Ⅱ级结构的特性、通过不同物种类型模型判定全长,将其和目前热点候选序列(matK,rbcL,psbA-trnH,rpoC1,ycf5)及nrDNAITS序列针对芸香科72属192种300个样本进行比较,试图在同一科属下更多近缘种存在时,真实判定候选序列的鉴定能力.结果表明,自行设计引物的ITS2序列具有较好的PCR扩增和测序成功率,在所考察的候选序列中具有最大的种间变异和较小的种内变异,且两者存在极显著差异,同时物种鉴定成功率最高,各评价指标均优于其他候选序列.证实ITS2序列在单一科属内的"高效性",故推荐其作为植物DNA条形码通用序列之一.
- 罗焜陈士林陈科力宋经元姚辉马新业朱英杰庞晓慧余华李西文刘震
- 关键词：DNA条形码ITS2芸香科
- 中药资源创新方法研究
- 中药资源是中药产业发展的基础,中药资源研究方法正逐步形成以计算机科学、分子生物学和生物信息学等为主要研究手段的多学科交叉体系。借助3S技术(RS,GIS,GPS)建立中药资源多级遥感监测体系和中药资源产地适宜性数值区划,...
- 陈士林
- 关键词：中药资源产地适宜性DNA条形码次生代谢产物功能基因
- 文献传递
- ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物被引量：16
- 2012年
- 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。
- 陈倩刘义梅刘震陈士林陈科力
- 关键词：DNA条形码ITS2RBCLPSBA-TRNH马鞭草科
- ITS2序列鉴别10种杜鹃属药用植物被引量：5
- 2011年
- 目的:对10种杜鹃属药用植物进行分子鉴别。方法:对4个种5个样本的核基因ITS2片段进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,结合从GenBank上下载的18个样品的序列用MEGA4.0软件进行相关数据分析,并用非加权配对算术平均法(UPGMA)构建聚类树。结果:10种杜鹃属药用植物的ITS2序列长度为242～245 bp,其所构建的系统树各个种不同的样本均分别聚在一起,表现出单系性。结论:ITS2序列能够有效区别10种杜鹃属药用植物,对杜鹃属中药材的鉴定具有一定的应用价值。
- 刘义梅张乐华陈士林陈科力
- 关键词：杜鹃属药用植物ITS2
- ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品被引量：3
- 2011年
- 为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;构建的系统发育树显示青葙子不同样本聚在一起,能很好地与混伪品区分.ITS2序列对鉴定青葙子及其易混伪品有一定的参考价值,可以作为传统鉴别方法的补充.
- 刘义梅陈倩陈科力陈士林
- 关键词：青葙子混伪品分子鉴定
- 忍冬科药用植物DNA条形码通用序列的筛选被引量：32
- 2010年
- 目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中的鉴定能力。结果:对忍冬科13个属,33个物种,58个样本进行分析,ITS2序列在属水平上的鉴定成功率为100.0%,物种水平上的鉴定成功率为96.6%。结论:ITS2序列可以作为忍冬科植物的DNA条形码候选序列,同时推荐psbA-trnH序列作为ITS2序列的补充序列。
- 刘震陈科力罗焜潘宏林陈士林
- 关键词：DNA条形码忍冬科ITS2PSBA-TRNHMATKRBCL
