目的:检测独一味的ITS基因序列片段,并利用ITS序列作为遗传标记分析了来自4个不同地区(甘南玛曲、西藏林芝、四川若尔盖道班、四川若尔盖热当坝)的独一味的遗传变异情况。方法:采用Plant DNA Mini Kit法作为基因组DNA提取的最佳方法,提取植物独一味的核基因组DNA,并且建立了适合独一味的PCR反应体系,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区序列进行套式扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳得到电泳图谱,并进行分析,测序。经Clusta 1X软件排序,MEGA3软件统计分析和分支分析,建立系统发育树,并计算各类群间的遗传距离。结果:琼脂糖电泳图谱及所测序列显示,来自于植物独一味的核DNA中rRNA基因内转录间隔区全长为670bp左右,甘南玛曲和西藏林芝的独一味遗传距离较小,四川与甘南玛曲和西藏林芝的独一味遗传距离较大。结论:基于ITS序列分析,作为品质突出的甘南玛曲独一味和其他地区的独一味相比,并未形成一个区别于其他地区独一味的一个独特的种。根据ITS序列特征所构建的系统树,与传统分类有所不同。