国家重点基础研究发展计划(2009CB119106)
- 作品数：7 被引量：26H指数：3
- 相关作者：齐力旺杨文华韩素英李万峰吴涛更多>>
- 相关机构：中国林业科学研究院国家林业局云南省林业科学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 日本落叶松小RNA文库构建及其microRNA鉴定被引量：5
- 2012年
- 以2年生日本落叶松实生苗为材料构建其小RNA文库,对283个克隆进行PCR验证后测序,通过生物信息学分析鉴定文库中的microRNA并进行qRT-PCR验证。结果表明:(1)小RNA文库的体积为50 mL,总库容量为5.25×106cfu,重组率为92.6%,插入片段长度约65 bp,与小RNA连接片段长度吻合。(2)去除rRNA(86个)、tRNA(14个)等非目的序列后,获得日本落叶松28个保守miRNAs,属于17个miRNA家族;其中,15个miRNAs(miR159c、miR160a、miR162a、miR164b、miR165a、miR166a、miR166a*、miR166b*、miR169a、miR169b、miR171a、miR171b、miR172a、miR319b、miR396a)的序列与其它植物完全一致,其余13个miRNAs(miR156a、miR159a、miR159b、miR164a、miR166b、miR168a、miR169b*、miR319a、miR396b、miR408、miR482a、miR2111、miR3701)则高度相似。(3)测序结果与本室落叶松转录组数据进行序列比对,新发现4个miRNAs(lle-miR1、lle-miR2、lle-miR3、lle-miR4)及其前体。(4)qRT-PCR验证表明,miR159a、miR159b等16个保守的和lle-miR1 lle-miR4等共20个miRNAs存在于日本落叶松中。(5)通过靶基因预测及UniProt数据库分析发现,32个miRNAs中有24个对应69个靶基因,其功能主要为转录因子、信号转导、胁迫抗性和代谢相关酶及未知功能蛋白。
- 吴涛张俊红韩素英杨文华李万峰齐力旺
- 关键词：日本落叶松小RNAMIRNA转录组
- 中间锦鸡儿生长发育过程中5个miRNAs及其靶基因的表达模式分析
- 2013年
- 利用qRT—PCR技术分析了5个miRNAs（cin—miRl57a、cin—miRl59a、cin-miRl65a、cin—miRl72b和cin-miR396a）及其靶基因在中间锦鸡儿（Caraganaintermedia）不同发育阶段不同器官的表达变化。结果显示，5个miRNAs的表达模式均存在时空特异性，其中cin—miRl59a、cin—miRl65a、cin—miRl72b、cin-miR396a在成年期营养器官中强烈表达，在幼年期和成年期生殖器官中弱表达；tin—miRl57a在幼年期和成年期生殖器官中强烈表达，在成年期营养器官中弱表达。除cin—miRl59a的靶基因M阳和cin-miRl65a的靶基因HD—Zip皿外，其它被检测的miRNAs靶基因与相应的miRNAs的表达呈现出明显的相互消长的表达模式。该结果表明中间锦鸡儿miRNA可通过调控其靶基因的表达，进而调控发育阶段转变、器官形态建成、细胞分化等生物学过程。研究结果将为中间锦鸡儿的定向改良工作提供理论依据和基因资源。
- 朱建峰李万峰杨文华韩素英齐力旺
- 关键词：中间锦鸡儿生长发育MICRORNA靶基因
- 落叶松体细胞胚成熟阶段差异表达的基因及部分基因的表达谱分析被引量：2
- 2009年
- 为研究落叶松体细胞胚胎发生的分子机理,文章以日本落叶松×华北落叶松杂种无性系胚性细胞系Y35体细胞胚成熟阶段培养物的cDNA为实验组,继代培养阶段胚性愈伤组织的cDNA为对照组,利用抑制性消减杂交技术(Suppression subtractive hybridization,SSH)构建了体细胞胚成熟阶段的差异表达基因文库。随机选取800个阳性克隆进行测序,共获得468个UniGenes,共将其分为19类,功能分析结果表明:这些UniGenes可能参与代谢、转录、信号转导、转运、细胞生长分裂、细胞结构、细胞命运、蛋白质合成与降解、防御等与个体发育密切相关的生物学过程。对部分ESTs的表达谱进行分析,结果表明这些ESTs均在落叶松体细胞胚胎发生的不同阶段特异表达。
- 张蕾齐力旺韩素英
- 关键词：落叶松差异表达基因抑制性消减杂交
- 落叶松实时定量PCR内参基因的筛选被引量：1
- 2013年
- 本研究针对日本落叶松（Larixkaempferi（Lamb．）Carr．）体细胞胚胎发育过程中原胚团时期到胚胎成熟时期、种子萌发过程、植株幼年生长阶段和成年生长阶段等生长发育过程中的31份材料，应用实时荧光定量PCR（qPCR）技术，分析了12个持家基因（ACT4、APm、Chc、Gapc、RPu、RPL2、EFl、EF2、elF、E3UL、UBQ和UPL2）在这3l份材料中的表达情况。经geNorm和NormFinder两种分析软件对这12个持家基因进行表达稳定性分析，结果表明：APm在不同器官、体细胞胚胎发育和种子萌发过程中表达均最为稳定；EFJ在不同生长年龄植株的顶梢中表达最为稳定；e伊在不同年龄植株的针叶中表达最为稳定。分析结果表明，针对不同的研究材料和发育阶段应选择适合的持家基因做内参基因使用。进行基因表达细微差异研究时，可根据需要使用2个或2个以上内参组合。
- 吴涛李万峰张俊红韩素英杨文华齐力旺
- 关键词：落叶松基因表达稳定性
- 日本落叶松种子萌发过程中18个miRNAs的表达变化被引量：1
- 2013年
- 运用qRT—PCR技术，检测日本落叶松种子萌发过程中的5个阶段——干种子（萌发培养0d）、吸胀（1d）、萌动（5d）、胚根外露（9d）和子叶展开（28d），miRl56、miRl59和miRl60等18个miRNAs在其种胚内的表达模式，并对其目标基因进行生物信息学分析，探讨miRNA在针叶林木种子萌发过程中的基因表达模式。结果表明：（1）从整个萌发过程分析，18个miRNAs的表达水平皆以干种子阶段最高，吸胀和萌动阶段迅速下降；干种子阶段的表达水平分别是吸胀、萌动、胚根外露和子叶展开阶段的4．8～43．5、17．2～1000．0、45．5～1000．0、62．5～1862．2倍。（2）从各个阶段分析，miR894的表达水平在5个阶段均最高，miR408均最低；其余16个miRNAs在5个阶段内的表达水平各有变化，综合排序结果从高到低依次为：miR951、miR950、miRl56、miRl59、miR396、miR398、miR390、miRl60、miR947、miRl65、miR319、miRl62、miRl71、miR397、miR395和miRl72。（3）miRNA目标基因预测结果显示：目标基因主要是ATP／DNA结合蛋白、ARF等转录因子、质膜和核糖体等细胞组分及MAP等激酶活性蛋白等蛋白编码基因。（4）miRl60对其目标基因JRl60237具有切割作用，切割位点发生在miRl60与目标基因互补结合位点第10与11位碱基之间。JRl60237在种子吸胀阶段表达水平迅速升高，在萌动、胚根外露和成苗阶段有所回落。
- 吴涛韩素英张俊红李万峰杨文华齐力旺
- 关键词：MIRNA日本落叶松种子萌发
- 表观遗传学在木本植物中的研究策略及应用被引量：8
- 2009年
- 表观遗传学可以解释DNA序列不改变而遗传功能改变,环境诱导的表型性状具有可遗传性的问题。介绍了表观遗传学的起源与发展,DNA甲基化(DNA methylation)、组蛋白密码(histone code)、基因组印迹(genomic imprinting)等多种表观遗传机制,并对目前木本植物的表观遗传学研究进行简要综述。由于木本植物自身基因组庞大,许多物种的全基因序列未知等原因,其表观遗传学研究滞后于拟南芥、水稻等草本模式植物。目前,仅杨树(Populus trichocarpa×P.deltoides)、辐射松(Pinus radiateD.Don.)、马占相思(Acacia man-giumWilld.)等树种的基因组DNA甲基化研究取得初步进展,大多数树种尚未开展此部分研究。MSAP等木本植物上可行性技术的广泛应用,将为木本植物的表观遗传研究带来新的契机,并揭示出木本植物所特有的基因调控等表观遗传现象。
- 魏华丽杨文华韩素英齐力旺
- 关键词：表观遗传学木本植物
- 落叶松体细胞胚胎发生过程中DNA甲基化模式变化分析被引量：9
- 2011年
- 通过MSAP技术检测落叶松体细胞胚胎发生过程中的DNA甲基化模式变化发现,体细胞胚胎发生的14个时期中,5’-CCGG-3’序列的胞嘧啶上发生重新甲基化事件最多在ABA诱导后的0.5～6 h,最少在5～7d的早期单胚阶段;而去甲基化事件发生最多的是5～7 d的早期单胚阶段,最少在14～21 d的中期单胚到晚期单胚阶段。与原胚团时期相比,重新甲基化事件最多发生在ABA诱导后的5 d,最少发生在ABA诱导后的7 d;去甲基化事件发生最多是在中期单胚的14 d,最少是在ABA诱导后的2 d。说明落叶松体细胞胚胎发生过程中存在着频繁的重新甲基化和去甲基化变化,体细胞胚胎成熟阶段与原胚团阶段相比,DNA甲基化的模式变化显著。
- 魏华丽吴涛杨文华李万峰张俊红齐力旺韩素英
- 关键词：落叶松体细胞胚胎发生DNA甲基化去甲基化
