国家自然科学基金(81220108019)
- 作品数：9 被引量：19H指数：3
- 相关作者：徐艳春陈梦妮毛祥华邓艳董莹更多>>
- 相关机构：云南省寄生虫病防治所大理大学第二军医大学更多>>
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- 云南省恶性疟原虫青蒿素耐药性相关基因K13 kelch结构域序列多态性的分析被引量：10
- 2016年
- 目的 分析云南省恶性疟现症病例中恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）K13基因kelch结构域的序列多态性，为掌握云南省恶性疟青蒿素耐药性提供依据。 方法 2013年1月-2015年12月，从云南省16个州（市）收集恶性疟现症病例的滤纸血样和相关信息，通过流行病学调查判定其感染来源，根据中国疾病预防控制信息系统疫情登记确认病例发现地。使用巢式PCR扩增恶性疟原虫K13基因kelch结构域并测序，与恶性疟原虫标准株3D7（PF3D7_1343700）序列进行比对。使用Mega 5.04分析序列多态，计算序列间变异位点、遗传距离等，计算氨基酸突变位点构成比并进行χ^2检验。 结果 2013-2015年共收集恶性疟现症病例血样202例，190例为输入性病例，12例为云南本地感染病例，各年的病例构成比分别为30.7％（62/202）、34.2％（69/202）和35.1％（71/202），呈逐年增多趋势。192例血样K13基因kelch结构域巢式扩增阳性，190例测序成功，66例存在K13基因错义突变，突变率为34.7%（66/190）。各年的突变病例检出构成比分别为40.9%（27/66）、37.9%（25/66）和21.2%（14/66），呈逐年减少趋势。共检出F446I、A578S、N458Y、P574L、A676D、G449A、C469Y、V566I、E556D和S16L等10种突变型，突变率最高的为F446I，占72.7%（48/66）。F446I突变型在18~56岁、农民、感染地为东南亚等病例中的检出比例分别为58.3%（28/48）、70.8%（34/48）和91.7%（44/48），高于同组其他病例的41.7%（20/48）、29.2%（14/48）和8.3%（4/48）（χ2=4.633、5.556、5.152，P＜0.05）。190例K13基因kelch结构域的同源性片段为248 bp，其中保守位点占94.8％（235/248），变异位点占5.2％（13/248），简约信息位点占2.0％（5/248），单态位点占3.2％（8/248）。190例DNA序列间遗传距离为0.000~0.036，平均为（0.001±0.001）。 结论 云南省恶性疟现症病例的K13基因kelch结构域存在10种突�
- 孙艾明董莹陈梦妮徐艳春邓艳毛祥华王剑
- 关键词：恶性疟原虫青蒿素耐药性多态
- 不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物相关基因的研究被引量：2
- 2018年
- 目的分析云南省不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物抗性相关基因二氢叶酸还原酶基因(Pvdhfr)和二氢叶酸合成酶基因(Pvdhps)的突变特点。方法收集2012年8月-2016年12月寄生虫病防治信息管理系统登记报告的云南省间日疟病例血样和流行病学史等信息。提取疟原虫DNA,巢式PCR扩增Pvdhfr和Pvdhps基因并测序,测序序列与Gen Bank中的间日疟原虫Pvdhfr(登录号为X98123)、Pvdhps基因(登录号为PVX_123230)参比序列比对。用MEGA 5.04、Arlequin 3.5.1分析Pvdhfr和Pvdhps基因的单倍型、期望杂合度(He)、遗传分化指数(Fst)等。用Network 4.6.0、Arc Gis10.1构建单倍型网络进化图和突变型分布图。结果 共收集1 203份疟疾病例血样,缅甸、非洲、云南本地感染病例血样分别为1 060、79和64份。Pvdhfr、Pvdhps基因PCR扩增产物分别测序成功272份和708份。分析结果显示,Pvdhfr基因的272条序列存在53种单倍型,He为0.243,其中云南本地分离株群体的He最高,为0.667;12个位点均为野生型的频率是8.1%(22/272),其余52种单倍型在12个位点上存在单点或双重、三重、四重、五重、六重错义突变的不同突变型。Pvdhps基因的708条序列存在35种单倍型,He为0.153,其中缅甸感染分离株群体的He最高,为0.142;5个位点均为野生型的频率是36.2%(256/708),其余34种单倍型在5个位点形成29种错义突变,产生单点、双重、三重、四重等多种突变型。Pvdhfr及Pvdhps基因均以野生型为起始,再按单重突变到多重突变的路径逐步进化。Pvdhfr基因的野生型和突变型血样中,Pvdhps基因突变型的比例分别为18.2%(4/22)和65.6%(147/224)。Pvdhps、Pvdhfr基因突变型的血样分别分布在14和9个州(市),且以缅甸感染血样占多数,分别占97.3%(440/452)和95.4%(144/151)。结论云南省不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物抗性相关基因Pvdhfr、Pvdhps的突变率、突变程度均高。
- 董莹邓艳陈梦妮徐艳春毛祥华王剑孙艾明薛靖波
- 关键词：间日疟原虫二氢叶酸还原酶抗性相关基因突变
- 云南省疟疾报告病例恶性疟原虫PfKelch13基因突变与青蒿素耐药性的关联性分析被引量：1
- 2018年
- 对缅甸境内恶性疟病例的Pf Kelch13基因突变与青蒿素耐药的关联性及Pf Kelch13基因在种群间的分化差异进行了分析。结果表明云南省疟疾报告病例Pf Kelch13基因序列中,单倍型共有13种,He为0.0481,错义突变序列占34.7%(66/190),F446I的突变率最高,为25.3%(48/190);缅甸境内病例基因序列中,单倍型共有19种,He为0.0440,错义突变序列占58.8%(114/194),F446I的突变率最高,为43.3%(84/194),云南恶性疟种群Pf Kelch13基因kelch结构域遗传多样性相对较高,两个种群的遗传分化指数Fst=0.0410(P<0.05),群体内、群体间的变异分别占95.90%和4.10%,以缅甸境内病例推算的青蒿素耐药性产生与Pf Kelch13基因kelch结构域446位点突变的OR值为1.640(95%CI:1.284~2.095),与12种位点突变的OR值为1.840(95%CI:1.412~2.398)。研究结果表明,云南省疟疾报告病例与缅甸境内病例的恶性疟原虫分离株种群在Pf Kelch13基因kelch结构域上的分化程度低,以缅甸病例分离株推算出的Pf Kelch13基因突变与青蒿素耐药性产生的遗传关联程度适用于云南报告病例的恶性疟原虫种群。
- 孙艾明孙艾明王剑董莹陈梦妮徐艳春邓艳
- 关键词：关联性分析
- 云南省恶性疟原虫氯喹及青蒿素抗性相关基因的联合突变分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析云南省恶性疟原虫抗氯喹转运蛋白(Plasmodium falciparum chloroquine resistant transporter,Pfcrt)基因和青蒿素抗性相关(K13)基因的联合突变特性。方法收集2012年8月-2015年12月寄生虫病防治信息管理系统登记和报告的云南省恶性疟病例滤纸血样和流行病学史等相关信息,提取疟原虫DNA,巢式PCR扩增恶性疟原虫Pfcrt基因exon2区和K13基因kelch结构域并测序,测序序列与2655199、PF3D7_1343700参比序列进行比对,用MEGA 5.04、Arlequin 3.01软件分析Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域的单倍型、单倍型间期望杂合度(He)及其群体间的遗传分化指数(Fst)等,用Network 4.6.0软件制作单倍型中介网络进化图,采用Epi Data 3.1软件建立数据库,SPSS 21.0统计学软件进行数据分析。结果共收集恶性疟病例血样234份,Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域巢式PCR扩增产物同时成功测序192份。其中,云南省本地感染病例血样12份,自非洲、缅甸感染的病例血样分别为30和150份。218份血样的Pfcrt基因exon2区DNA序列有7种单倍型,He为0.238 5,错义突变序列占83.0%(181/218),72~76位点呈单重突变(CVMNT)、双重突变(SVMNT)、三重突变(CVIET)的比例分别为1.8%(4/218)、6.4%(14/218)和74.8%(163/218),7种单倍型以氯喹敏感型CVMNK为起始,再按单重、双重及三重突变的路径逐步进化。192份血样的K13基因kelch结构域DNA序列有21种单倍型,He为0.044 9,错义突变序列占35.9%(69/192),在16、446、676等9个位点均只发生单重突变,F446I的突变率最高,为25.0%(48/192),21种单倍型的中介网络图显示"星状"布局。云南省本地恶性疟原虫种群与缅甸种群间的Fst最小,为0.020 3。Pfcrt基因的氯喹敏感型CVMNK血样中,K13基因kelch结构域位点突变的比例为20.6%(7/34),氯喹抗性型CVMNT、CVIET血样中的检出比例分别为1/4和36.4%(51/140)。结论云南省疫情报告病例中恶性疟原虫的氯喹、青蒿素相关抗性基�
- 董莹孙艾明邓艳陈梦妮徐艳春毛祥华
- 关键词：氯喹抗性联合突变
- 中缅边境及泰国东南地区恶性疟原虫K13基因侧翼微卫星多态性研究被引量：2
- 2017年
- 目的研究中缅边境拉咱地区和泰国东南Srisaket、Trat和Ranong等3个地区恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)K13基因侧翼微卫星的多态性。方法取前期经基因型研究的恶性疟原虫样品42份,其中中缅边境拉咱地区22份(K13基因R539T突变型和野生型各11份),泰国3个地区20份(K13基因R539T突变型9份和野生型11份),对上述样品K13基因上游31 900、6 360、150 bp和下游1 700、11 000、31 500 bp共6个位点的微卫星片段进行PCR扩增,PCR产物经毛细管电泳仪检测片段长度,并采用Bio Calculator软件进行数据分析,Gen ALEx软件计算等位基因频率和期望杂合度(He)。结果中缅边境拉咱地区和泰国3个地区恶性疟原虫虫株K13基因两侧的6个微卫星位点共检测到46个等位基因,在上游6 360 bp位点的等位基因长度分别集中在286和278 bp,等位基因频率为73%和67%。上游31 900 bp位点等位基因长度分别集中在211和205 bp,等位基因频率为55%和44%。上游150 bp及下游1 700 bp位点等位基因长度主要集中在195和209 bp,其他两个位点未出现集中分布的情况。中缅边境拉咱地区虫株的单倍体型为H1至H4型,泰国3个地区虫株除了2株H2单体型外,其余均为H5和H6型。42份样品的6个微卫星位点的平均He分别为0.49±0.23、0.42±0.33和0.72±0.12、0.67±0.11。R539T突变的虫株在毗邻K13基因的微卫星位点处He明显降低,在上游150 bp处分别为0.17和0,在下游1 700 bp处分别为0.3和0。结论中缅边境拉咱地区及泰国3个地区K13基因为R539T突变型的恶性疟原虫虫株均受到青蒿素选择压力,等位基因型在上游6 360和31 900 bp两个位点上具有明显的差异。
- 陈学迪叶润潘卫庆
- 关键词：恶性疟原虫微卫星
- 西非及柬埔寨西部地区恶性疟原虫基因组拷贝数变异研究
- 2018年
- 目的对非洲地区(马里)及柬埔寨西部(菩萨和拜林)地区恶性疟原虫基因组的拷贝数变异情况进行初步研究。方法从疟原虫基因组数据库下载西非及柬埔寨西部地区20个恶性疟原虫样本的全基因组测序数据,预处理过滤后得到14个虫株样本测序数据纳入下一步研究(西非地区6个,柬埔寨西部地区8个)。用生物信息学软件检测拷贝数变异情况,并对发生拷贝数变异的基因进行功能注释和功能富集分析。结果西非地区在14条染色体上共检测到112个拷贝数变异区域,包含230个基因;柬埔寨西部地区在14条染色体上共检测到111个拷贝数变异区域,包含179个基因。GO富集分析显示,西非地区拷贝数变异基因主要与恶性疟原虫微管运动活性过程有关;柬埔寨西部地区主要与恶性疟原虫天冬氨酸肽链内切酶活性及细胞内小泡等相关。对于恶性疟原虫药物抗性相关基因,在西非地区检测到pfmrp-1及pfmrp-2发生了拷贝数增加,柬埔寨西部地区检测到pfmdr-1、pfmrp-1、plasmepsin-2、plasmepsin-3发生拷贝数增加。结论西非及柬埔寨西部地区恶性疟原虫基因组内存在较多拷贝数变异,且发生拷贝数变异的大部分基因与微管运动活性过程、天冬氨酸肽链内切酶活性及细胞内小泡相关。
- 田一妮叶润潘卫庆张冬梅
- 关键词：恶性疟原虫全基因组测序拷贝数变异
- 云南省输入性及本地感染间日疟原虫裂殖子表面蛋白1基因5区序列的多态性分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析云南省输入性及本地感染间日疟病例的疟原虫裂殖子表面蛋白1(Plasmodium vivax merozoite surface protein-1,Pv MSP-1)基因5区序列及其等位基因的多态性。方法 2012年8月-2015年9月,收集云南省输入性及本地感染间日疟病例的滤纸血样和流行病学史等相关信息。提取疟原虫DNA,PCR扩增Pv MSP-1基因5区并测序,与M75674、AAN86237、M60807、ABJ53045、AAN86238、BAA18977等参比序列进行比对,用Mega 5.04、Arlequin3.5.1软件分析Pv MSP-1基因5区的序列多态性,计算序列间保守位点、遗传距离和多样性指数,并根据氨基酸序列间的遗传距离绘制聚类树状图。结果 2012年8月-2015年9月,共收集间日疟病例血样847份。其中,云南省本地感染61份,非洲、缅甸感染的分别为66和720份。847份血样中278份扩增出Pv MSP-1基因5区片段,206份测序成功。Pv MSP-1基因5区片段编码氨基酸长193~222 aa。氨基酸序列比对分析显示,Sal-1、Belem和Recombine基因型分别占59.2%(122/206)、23.3%(48/206)和17.5%(36/206),缅甸、非洲感染和云南本地感染血样中Sal-1基因型分别占58.8%(104/177)、11/15和7/14。Sal-1、Belem、Recombine基因型分别有51、9和6个亚型。这66个亚型的Shannon-wiener指数(H’)和期望杂合度(He)分别为0.955和0.567。206条DNA序列的同源位点为665 bp、保守位点为11.3%(75/665)、变异位点为88.7%(590/665),不同感染来源地的分离株与不同的氨基酸参比序列的遗传距离均小于0.4。聚类分析显示,206条Pv MSP-1基因5区氨基酸序列按基因型聚类成2个大类,有3个次级分支,其中,Recombine与Belem基因型的相似度为91%~92%,高于与Sal-1基因型的82%~83%。结论云南省输入性及本地感染的间日疟原虫分离株Pv MSP-1基因5区存在多种亚型,在Sal-1、Belem、Recombine等3种基因型中,Sal-1型占优势。
- 董莹孙艾明陈梦妮徐艳春毛祥华邓艳
- 关键词：间日疟原虫裂殖子表面蛋白1多态性
- 恶性疟原虫药物抗性相关基因筛选与鉴定方法被引量：1
- 2017年
- 恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)几乎对所有的抗疟药物都产生了抗性,近年来青蒿素类药物抗性的出现与扩散使全球疟疾控制与消除面临巨大挑战。筛选鉴定恶性疟原虫药物抗性相关基因对阐明抗疟药物作用机制、监测抗性的出现和扩散以及制定抗疟药物的使用规范都具有重要意义。本文对恶性疟原虫药物抗性基因常用的筛选与鉴定方法进行综述。
- 田一妮叶润潘卫庆张冬梅
- 关键词：恶性疟原虫候选基因法
- 宿主肝细胞来源分子对红外期疟原虫感染和发育影响的研究进展被引量：1
- 2013年
- 疟原虫入侵宿主肝细胞并在其中发育增殖是建立疟疾感染的关键环节，因此该阶段也成为抗疟药物和疫苗研发针对的重要靶标。肝期原虫的入侵和发育涉及多种宿主肝细胞来源分子与疟原虫来源分子的相互作用。近年来的研究陆续发现了一些疟原虫与宿主相互作用中发挥重要功能的宿主肝细胞来源分子。该文就影响子孢子入侵、疟原虫肝细胞内生长发育和营养代谢、宿主对疟原虫免疫反应的肝细胞来源分子研究进展进行综述。
- 李明星曹毅潘卫庆
- 关键词：疟原虫
