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甲型H1N1病毒HA、NA氨基酸序列比较及抗原性表位预测被引量：1: 2013年; 目的:比较新型甲型H1N1流感病毒分离株HA、NA氨基酸序列之间的差异,分析HA、NA蛋白可能的抗原性细胞表位。方法:从GenBank中选取28株世界各地的新型甲型H1N1流感病毒分离株并下载各株HA、NA的氨基酸序列;使用ClustalX和MEGA2.0软件对氨基酸序列的进行进化树分析;用Protean软件预测HA、NA蛋白的B细胞表位;用NetMHCⅡ2.2预测T细胞抗原表位。结果:世界范围的毒株之间氨基酸序列相对保守,HA及NA均只有少数位点的变异,HA蛋白氨基酸序列之间较NA蛋白氨基酸序列之间变异较大;预测HA蛋白具有8个B细胞表位和10个T细胞表位;NA蛋白有12个B细胞表位和7个T细胞表位。结论:HA、NA蛋白的少数区域抗原性相对比较稳定,可以作为检测以及疫苗研究的靶区域。; 邹泽红张俊艳刘兆宇刘昌文李胜涛何颖; 关键词：H1N1流感病毒血凝素神经氨酸酶

刺苋花粉泛过敏原Profilin的抗原性评估与三级结构分析被引量：1: 2008年; 目的克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因，分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列，以之为基础设计合成引物，采用Touchdown PCR技术从刺苋花粉的eDNA池中进行基因克隆，并经菌落PCR和双酶切验证；采用生物信息学软件MULTIPRED及SWISS-MODEL在线软件对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟。结果从刺苋中获得两个序列不同的泛过敏原基因，分别命名为PRF7和PRF23。蛋白质三级结构显示：PRF7与已知的泛过敏原Profilin存在少数氨基酸的差异，其空间结构与抗原性没有明显变化；而PRF23与北方豚草花粉泛过敏原Q64LH0之间相似程度较低，而空间结构也呈现明显的差异；尽管Q64LH0与PRF23的全序列抗原性均值差异无统计学意义，受一些区段上不同性质的氨基酸改变的影响，PRF23在这些区段上的抗原性显著低于Q64LH0的抗原性。结论基于Q64LH0和PRF23同源氨基酸序列的抗原性评估及三级结构分析，获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息，映射了南方花粉过敏症发生率较低的原因所在，也为过敏原遗传改良过程中进行氨基酸置换指明了方向。; 陶爱林刘林川王永飞邹泽红马三梅赖荷于陆伍秋容; 关键词：抗原性

应用生物信息学分析大米过敏原RAG1的B细胞表位(英文)被引量：1: 2012年; [目的]预测大米主要过敏原RAG1的二级结构及B细胞表位。[方法]从Expasy蛋白质数据库中获得编码大米过敏原RAG1的氨基酸序列并以此氨基酸序列为基础,通过DNAStarProtean软件,采用Gamier-Robson方案、Chou-Fasman方案和Karplus-Schulz方案预测RAG1的二级结构,用Kyte-Doolittle亲水性方案、Emini表面可及性方案、Jameson-Wolf抗原性指数方案综合预测RAG1的B细胞表位。[结果]对大米过敏原RAG1的二级结构和B细胞表位预测的结果表明,第33～44、119～129、155～163区段可能是B细胞的优势表位。[结论]本研究综合应用多方法多参数预测大米过敏原RAG1潜在的B细胞优势表位,为RAG1B细胞表位的进一步鉴定及其抗原性改造、表位疫苗设计等研究提供了理论依据。; 李燕芳何颖邹泽红; 关键词：B细胞表位

花生过敏原iso-Ara h 3的克隆、表达和免疫学鉴定被引量：4: 2009年; 采用Touchdown PCR技术从花生cDNA中克隆到花生的过敏原iso-Ara h 3基因,并进行重组蛋白表达,再用Western blot技术鉴定重组蛋白过敏原性。结果显示,构建的pET44a-iso-Ara h 3重组菌能表达iso-Ara h 3蛋白。用8例花生过敏的阳性血清鉴定表明,重组的iso-Ara h 3蛋白血清IgE识别率为12.5%,是一种低过敏原性的过敏原蛋白。; 钟海峰马三梅王永飞邹泽红陶爱林; 关键词：花生基因克隆 H

重组低过敏原性粉尘螨过敏原的表达及鉴定被引量：2: 2010年; 目的:重组表达粉尘螨的低过敏原性过敏原,为安全高效的脱敏治疗服务。方法:通过大肠杆菌表达含前肽序列的粉尘螨过敏原ProDerf1,通过一系列纯化步骤后,基于过敏病例血清采用ELISA方法比较重组过敏原和天然Derf1的IgE结合活性,以判断其过敏原性强弱。结果:在大肠杆菌高效表达了ProDerf1并获得了大量纯化蛋白,结合试验结果显示重组ProDerf1的IgE结合活性显著降低,显示低过敏原性。结论:经过透析及纯化等步骤后得到的重组粉尘螨过敏原ProDerf1较天然Derf1的过敏原性低,可应用于易于标准化的安全高效的脱敏治疗制剂。; 李辉严马三梅邹泽红王永飞陶爱林; 关键词：纯化

转基因植物中Bt Cry2Ab蛋白的抗原表位特征预测: 2012年; [目的]通过生物信息学方法了解转基因作物中Bt Cry2Ab蛋白的二级结构、三级结构、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位等结构特征,为今后的抗体设计奠定基础。[方法]以在NCBI数据库中获得Cry2Ab蛋白序列为材料,应用DNAStar中的多种方法预测其B细胞表位,并通过在线预测软件NetMHCII 2.2分析Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子的结合能力,从而预测其T细胞抗原表位。[结果]对Cry2Ab蛋白B细胞抗原表位的预测表明,Cry2Ab蛋白的第208～215区域是潜在的B细胞抗原表位;对Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子结合能力的分析表明,Cry2Ab蛋白的第177～185区域、299～307区域和255～263区域是潜在的T细胞抗原表位,暗示含有HLA-DRB10101和HLA-DRB10701等位基因的人群对Cry2Ab蛋白更敏感。[结论]该研究有助于深入了解Cry2Ab蛋白的生物学特征,为完善转基因食品过敏原性的评估方法提供新线索。; 高洁荣何颖邹泽红陶爱林艾云灿; 关键词：转基因植物 B细胞表位 T细胞表位

子宫珠蛋白与猫主要过敏原Fel d 1之间关系的生物信息学分析被引量：1: 2013年; 目的:分析人子宫珠蛋白与猫主要过敏原Fel d 1之间关系。方法 :运用ClustalW 1.83和MEGA5.1 Beta3软件比较人分泌球蛋白家族序列及猫过敏原Fel d 1两个亚基P30438和P30440之间的进化树形图;采用在线软件平台NetMHCII 2.2比较分析P30438与子宫珠蛋白典型序列P11684之间抗原性差异;利用Swiss-Model程序模拟并比较P11684、P30438和P30440的三级结构。结果 :分泌球蛋白家族充斥着大量冗余数据,经逐步聚类收缩至13个代表性序列进一步分析发现,整个分泌球蛋白家族划分成两个大家族三个亚家族,而子宫珠蛋白典型序列与猫主要过敏原Fel d 1的一个亚基P30438之亲缘关系最近,两者均具有与HLA高亲和力结合位点,而且三级结构相似。结论:子宫珠蛋白具有潜在的过敏原性。; 欧阳穗黄于艺凌春芳何颖陈惠芳邹泽红; 关键词：抗原性

扩增片段长度多态性技术应用于复杂样本的方法学探讨: 2010年; 目的探讨扩增片段长度多态性（AFLP）技术应用于变态反应疾病等复杂样本的遗传研究之可能性,探讨差异片段后续分析方法.方法利用公共数据库中获得的遗传背景差异较大的成对材料进行AFLP筛选所得的差异片段,采用不同的BLAST程序进行深入的生物信息学分析.结果不同的BLAST程序获得的结果所包含的可用信息量不同.以BLASTX程式获得的结果显示,前述差异片段分别与洋葱伯克霍尔德菌噬菌体及结核分支杆菌末端酶的大亚基高度同源.在后二者基本信息缺失的情况下,利用关键词搜索获得了末端酶与肿瘤形成及转移的重要信息.结论通过采用AFLP方法对遗传背景差异较大的成对材料进行分子标记筛选,获得的差异片段进一步经生物信息学分析,对于后续的深入研究十分关键.; 郑坚邹泽红傅意玲; 关键词：生物信息学

苹果过敏原Mal d 4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析被引量：9: 2012年; 目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性。方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象。结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主。B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93。苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似。结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据。; 夏宏林何颖邹泽红陶爱林; 关键词：MAL 抗原表位

蛔虫过敏原ABA-1融合基因在大肠杆菌中的表达及鉴定: 2011年; 背景:利用蛔虫基因融合技术,可将过敏原ABA-1的主要基因进行融合。目的:利用大肠杆菌表达系统重组表达蛔虫主要过敏原ABA-1融合蛋白。方法:从Gene Bank和Protein Database中获取蛔虫主要过敏原ABA-1基因和蛋白序列,选定其中的ABA-1B1,ABA-1A2与ABA-1A1基因重组为融合基因BAA,经密码子优化后,全基因合成目的基因BAA并构建于表达载体PET-44a上,经KCM法转化入大肠杆菌JM109中进行克隆,PET-44a/BAA经NdeⅠ和PstⅠ双酶切及DNA测序正确后,转化入大肠杆菌Rosetta Blue TM中,经IPTG诱导表达。表达蛋白经Ni柱亲和层析纯化后,通过Western blot和氨基酸测序鉴定目的蛋白。结果与结论:大肠杆菌的融合蛋白BAA表达量约占总蛋白的40%,纯化后蛋其白纯度可达90%左右。Western Blot结果显示在相对分子质量45000处可见一特异目的条带,氨基酸测序显示N端15个氨基酸与目的蛋白完全相同。结果证实,融合蛋白BAA在大肠杆菌中得到高效的表达。; 于超生文忠邹泽红陈惠芳陶爱林; 关键词：蛔虫密码子优化

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