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不同物种Mchr1基因编码区生物信息学分析: 2014年; 采用比较基因组学和生物信息学的方法分析了人、黑猩猩、玻利维亚灰鼠猴、猕猴、蒙眼貂、裸鼢鼠、佛罗里达海牛、小家鼠、小马岛猬共9个物种的黑色素浓集激素受体1（Mchr1）基因编码区（CDS）的遗传多样性,并对其氨基酸序列、蛋白结构等进行预测.结果表明,来自9个物种的44个Mchr1基因序列中共检测到多态位点200个,其中单一多态位点81个,单倍型14种,Mchr1基因CDS在种内表现较为保守,种间则表现出较丰富的遗传多样性.Mchr1蛋白为疏水性蛋白,理论等电点均大于7,肽链的不稳定系数介于36.26～44.21,均较稳定.Mchr1蛋白位于细胞质中.; 马梦云李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：编码区生物信息学

不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因剪接体类型研究被引量：7: 2015年; 本研究旨在探讨白色和黑色山羊皮肤组织Agouti基因所具有的不同剪接体类型。采用PCR扩增和5′RACE方法分别获得白色和黑色山羊皮肤组织Agouti基因部分基因组序列及mRNA序列,并进行拼接比对。结果,分别获得了长度为27 793和27 858bp的白色和黑色山羊Agouti基因序列,发现4段序列(88、180、81和79bp)与绵羊mRNA序列相匹配,这些片段与5′RACE所检测到的外显子1可变剪接体长度对应,其中的180、81和79bp为新发现片段。白色山羊检测到It、It′、IA、2C和IE 5种类型剪接体,黑色山羊仅检测到It和It′2种类型剪接体。剪接体之间和剪接体内部均存在长度变异。结果提示,IA、2C和IE可变剪接可能与山羊毛色形成有关。; 张天李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：山羊皮肤组织

不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析被引量：1: 2012年; 采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在13个物种45条基因序列中共检测到481个多态位点,生成20种单倍型,Oct-1基因序列编码区种内、种间存在丰富的遗传多样性。Oct-1蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋。; 张天李祥龙周荣艳李兰会任玉红赵驻军; 关键词：生物信息学分析

不同物种NF-κB1基因编码区生物信息分析: 2012年; 为了解不同物种NF-κB1基因编码区(CDS)的遗传变异,本试验使用生物信息学的方法比较分析了小家鼠、褐家鼠、人、黑猩猩、狨、毛猩猩、猕猴、家马、大熊猫、野猪、家短尾负鼠、牛、狼、非洲象和白颊长臂猿NF-κB1基因编码区的遗传多样性,并对该基因的氨基酸序列、跨膜结构域、导肽、信号肽和结构域进行了预测和分析,对有关NF-κB1基因功能的一些研究热点进行了回顾。结果表明:在15个物种36条基因序列中共检测到968个多态位点,生成24种单倍型,NF-κB1基因序列编码区在物种间存在丰富的遗传多样性;理论等电点均低于5.5,NF-κB1编码的蛋白呈酸性,N端无信号肽、导肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性;这些蛋白均含有1个Rel同源域,6～7个Ankyrin重复,在结构上保守。; 张军杰李祥龙周荣艳李兰会任玉红赵驻军; 关键词：物种生物信息学

不同物种Atrn基因编码区生物信息学分析: 2015年; 采用生物信息学的方法分析了人、牛、野牦牛、小须鲸、水牛、狼、狨、狨鼠、白犀牛、星鼻鼹鼠、犰狳、小马岛猬、埃氏象鼩、猫、裸隐鼠、食蟹猴、猕猴、雪貂、小家鼠、长臂猿、中央狐蝠、褐家鼠、野猪、松鼠等24个物种Atrn基因编码区(CDS),并对该基因核苷酸多样性及氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明,Atrn基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性,来自24个物种的61条基因序列中共检测到多态位点899个,生成31种单倍型。Atrn蛋白N端存在信号肽和跨膜区,属于定位于生物膜上的膜蛋白或分泌蛋白。Atrn蛋白为不稳定的亲水性蛋白,理论等电点为7.17,Atrn蛋白呈弱碱性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规则卷曲和α-螺旋。; 方倩倩李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：物种生物信息学分析

不同物种Dock7基因编码区生物信息学分析: 2013年; 为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性,采用生物信息学的方法分析了人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种Dock7基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在27个物种68条基因序列中共检测到1855个多态位点,生成28种单倍型,Dock7基因序列编码区种间存在丰富的遗传多样性,而种内变异极小,只在原鸡中发现一个变异位点。在所研究27个物种中,原鸡Dock7基因的氨基酸序列存在信号肽,其他26个物种Dock7基因的氨基酸序列均无信号肽。27个物种都没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是自由卷曲和α-螺旋,Dock7蛋白呈酸性。; 刘小辉李祥龙周荣艳李兰会张天王建涛; 关键词：物种生物信息学分析

ASIP蛋白与AgRP相关蛋白生物信息比较分析被引量：2: 2014年; 利用生物信息学的方法研究人、绵羊和牛等18个物种Agouti信号蛋白（ASIP）和Agouti相关蛋白（AgRP）的编码区及其对应氨基酸序列的相关特征，以期探明两种蛋白的遗传分化特点。结果表明，在ASIP与AgRP均为399bp的CDS序列中，其核苷酸保守区域的位置分别在262～399bp和230～399bp处；ASIP和AgRP在各自CDS序列多态位点变异的各项指标数值及其百分率大小上均极为接近；在46条ASIP的CDS序列及32条AgRP的CDS序列中，二者的单倍型数分别为22种和23种，ASIP和AgRP在基因的进化以及不同物种的遗传分化上具有相似性；两者的氨基酸序列在98～140aa片段处保守性较高，该区域同时富含半胱氨酸（Cys）；ASIP和AgRP一级结构的理化性质表现为共性与差异并存；二者的肽链C端具有相似的三维结构，但各自也具有其结构特异性。; 马建青李祥龙周荣艳李兰会杨清芳; 关键词：AGOUTI ASIP AGRP

不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因mRNA及其编码ASIP差异表达研究被引量：8: 2014年; 旨在探讨Agouti基因调控山羊毛色机制,采用SYBR Green real-time PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测了不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA及其所编码ASIP蛋白的差异表达。结果表明,Agouti基因mRNA在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量依次为白色>黑色>棕色;mRNA表达量在棕色和白色、棕色和黑色山羊皮肤之间均存在显著差异(P<0.05),在白色和黑色山羊皮肤之间差异不显著(P>0.05)。ASIP在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量:白色>棕色>黑色;ASIP表达量在白色和黑色山羊皮肤组织之间存在显著差异(P<0.05),但在白色和棕色、棕色和黑色山羊皮肤组织之间差异均不显著(P>0.05)。研究结果提示,Agouti基因在不同毛色山羊皮肤组织中可能存在不同调控机制。; 张天张丽英李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：山羊皮肤组织 ASIP

不同物种GATA-2基因编码区生物信息学分析被引量：2: 2013年; 利用生物信息学方法分析了小家鼠(Mus musculus)、褐家鼠(Rattus norvegicus)、人(Homo sapiens)、黑猩猩(Pan troglodytes)、大猩猩(Gorilla)、倭黑猩猩(Pan paniscus)、猿(Nomascus leucogenys)、狨(Callithrix jacchus)、亚马逊松鼠猴(Saimiri boliviensis)、家马(Equus caballus)、小耳大婴猴(Otolemur garnettii)、家猫(Felis catus)、东非狒狒(Papio Anubis)、猕猴(Macaca mulatta)、犬(Cains lapus)、野猪(Sus scrofa)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)等17个物种GATA-2基因编码序列(Coding sequence,CDS),并对该基因的遗传多样性、信号肽、导肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明,在17个物种52条基因序列中共检测到344个多态位点,有25种单倍型,GATA-2基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性。GATA-2蛋白N端无信号肽,不具有导肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋,理论等电点为9.43,GATA-2蛋白呈碱性。; 张天李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：物种生物信息学分析

不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析: 2012年; 该研究采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性,亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在13个物种45条基因序列中共检测到481个多态位点,生成20种单倍型,Oct-1基因序列编码区种内、种间存在丰富的遗传多样性。Oct-1蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋。; 张天李祥龙周荣艳李兰会任玉红赵驻军; 关键词：生物信息学分析

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