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基于一致序列多样性分析的启动子预测方法被引量：1: 2012年; 基于启动子的以下特点:(1)启动子区域有一些一致序列,但对于不同的启动子,一致序列在个别碱基上会有所改变,具有多样性;(2)一致序列的位置并不固定,总是在某个范围内波动;(3)大部分的真核生物启动子都和CpG岛有关。提出了一个新的启动子预测方法,即采用了一种新的统计建模策略,并首次提出了区间位置权重矩阵(IPWM)概率模型。大规模序列测试结果表明,新的启动子预测系统具有较好的敏感性和特异性。; 张文燕武栓虎王敏强; 关键词：启动子预测真核生物 CPG岛

数据仓库元数据集成技术研究与应用被引量：2: 2011年; 元数据集成是数据仓库元数据管理的一项重要内容。文章在目前元数据集成研究成果的基础上,提出了一种基于SOA架构的数据仓库元数据集成技术。该技术以Web Service技术为应用框架,以CWM为元数据模型,采用XML设计元数据封装器,实现了分布环境下数据仓库元数据的集成与重用。文章重点介绍了系统的体系构架,及CWM元数据模型的结构设计和不同Web Service方法设计和调用。最后,将该技术应用到消防工程领域的一个实际数据仓库项目中,验证了该技术的可行性、有效性、实用性。; 李瑞旭李扬; 关键词：数据仓库元数据集成 SOA架构 WEB服务

基于最小概率距离和改进PV插值的图像配准被引量：2: 2011年; 提出一种基于最小概率距离和改进部分体积(PV)插值的图像配准方法。采用Powell优化算法迭代搜索对称KL距离的最小值,获取最小概率距离,将其作为配准测度,并利用改进的PV插值算法提高图像配准的鲁棒性。实验结果表明,与基于互信息的图像配准方法相比,该方法能有效地减少耗费时间,提高配准精度。; 王鹤涛武栓虎张越翔; 关键词：互信息图像配准

半监督聚类中成对约束的主动学习被引量：1: 2011年; 本文提出一种纠错式主动学习成对约束的方法,探讨了主动学习的停止条件,在较少的约束下可得到较好的聚类结果。通过在UCI基准数据集以及人工数据集的实验表明,在该学习策略下,半监督聚类算法的性能好于对比算法;在停止条件下,每个数据集的聚类结果都是可接受的。; 杨洋王立宏; 关键词：半监督聚类

牛亚科3个主要家养牛种MyoG基因多态性及其遗传分化被引量：3: 2011年; 对普通牛(鲁西牛、渤海黑牛)、天祝牦牛和中国广西水牛的MyoG基因部分核苷酸序列变异进行了分析,旨在揭示不同牛种群的DNA多态性及其遗传分化.采用PCR和DNA直接测序技术获得4个牛群体的MyoG基因exon 1和5’侧翼部分序列,与GenBanK公布的牛亚科动物同源序列作比对分析.结果显示,在渤海黑牛和牦牛未发现多态位点;鲁西牛存在1个多态位点,定义了2个单倍型;水牛有6个突变位点,但群内只发现1个多态位点.核苷核苷酸多样性(Pi)在0.000 00～0.001 35之间,说明群体内遗传多态性程度较低。核苷酸歧义度(Dxy)以水牛与鲁西牛之间比较最高,为0.013 97,表明水牛遗传分化明显.种系进化树分析表明,牦牛与普通牛亲缘关系很近,二者与水牛关系较远,支持将牦牛归为牛属(Bos)的一个亚属或一个种的观点.; 王敏强苏培刘晓玲武拴虎张志强; 关键词：普通牛 MYOG基因遗传分化

混合约束的软限制近邻传播半监督聚类算法: 2011年; 提出了一种混合约束的半监督聚类算法HCSCAP,综合考虑了已标号点和成对点约束信息,使2类先验信息在聚类的过程中能发挥各自的作用.通过调整相似性矩阵添加成对点约束,已标号点以宏结点的方式添加到相似性矩阵.给出了具体的算法步骤并进行了测试,实验表明:HCSCAP比只利用成对点约束信息的SAP算法和只利用标号点的SS-CAP算法的CRI指标要好,聚类簇数也更接近实际给定的类数.; 李雪梅王立宏刘其成宋宜斌; 关键词：半监督聚类

一种主动式的半监督最近邻学习方法: 2011年; 同时使用标号点和成对约束信息,设计了半监督的最近邻分类算法。为了解决可能无法为某些数据点分配类标号的问题,提出了ratio排序方法以降低冲突点的个数,并采用基于Citation-kNN评分的主动式学习策略,通过获取一些与周围数据点不一致的点的标号来改善半监督学习的效果,以寻找有价值的监督信息。实验结果表明,本文的学习策略可以提高算法的聚类效果,其CRI指标好于COP-kmeans和CCL算法。; 杨洋王立宏刘其成; 关键词：半监督聚类最近邻

鲁西黄牛和渤海黑牛MRF家族基因编码区DNA多态性分析: 2011年; 由鲁西黄牛和渤海黑牛主要产区随机采集牛颈静脉血样,采用酚-氯仿法提取基因组DNA,用覆盖基因序列全长的15对引物扩增MRF家族4个基因MyoD、MyoG、Myf5和Myf6并测序,应用相关分子生物学软件对测序结果进行分析,以揭示其DNA多态性。通过对154条序列测序、比对,共发现36个核苷酸突变位点,其中7个位点与已报道的相同,29个为鲁西黄牛和渤海黑牛所特有,简约信息位点26个。这些突变位点大多发生在内含子和UTR序列,CDS序列的组成和结构比较稳定。在MFR家族的4个基因中,MyoG核苷酸变异程度最高,Myf6最低。2个黄牛群体的单倍型多样性程度较高,鲁西黄牛群体DNA多态性高于渤海黑牛。结果提示2个地方黄牛群体含有丰富的遗传变异信息,对应用分子标记辅助选择技术培育中国特有肉牛品种具有重要的参考价值。; 王敏强孙钦艳刘晓玲赵振军赵明日李倩武拴虎张志强; 关键词：鲁西黄牛渤海黑牛 DNA多态性

黄牛、牦牛和水牛MyoG基因单核苷酸多态性分析被引量：5: 2011年; 采用PCR-SSCP结合DNA直接测序技术,分析黄牛(鲁西牛、渤海黑牛)、牦牛和水牛肌细胞生成素基因(MyoG)外显子1和5′侧翼部分序列的DNA多态性,旨在揭示中国3个主要家养牛种的群体遗传变异并为开展分子育种提供试验依据。结果表明,鲁西牛和水牛群体存在SSCP多态性。序列分析结果显示,渤海黑牛和牦牛MyoG外显子1和5′侧翼部分序列与GenBank相应序列完全一致。鲁西牛在外显子1发生g.48 G→C颠换,由此形成GG、GC和CC 3种基因型,G、C等位基因频率分别为0.743 7、0.266 4;水牛分化明显,发生6处突变,位于g.-5 A→T颠换导致形成AA和AT 2种基因型,A、T等位基因的频率分别为0.825 0、0.175 0;另外5处突变发生在外显子1序列中,其中g.210 T→C颠换是水牛特异性的限制性酶切位点。所有突变均发生在三联体密码子的第3位,且均为同义替代。编码氨基酸在4个牛群体间完全一致。推测鲁西牛MyoG基因外显子1的g.48 G→C突变可能是一个与生长发育性状存在一定相关性的潜在SNP位点。; 王敏强苏培刘晓玲赵振军武拴虎张志强李倩; 关键词：黄牛水牛牦牛肌细胞生成素基因

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国家自然科学基金(61070118)