博士科研启动基金(05-010)
- 作品数：1 被引量：2H指数：1
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- 猪链球菌2型98HAH33株脂蛋白的in silico方法鉴定被引量：2
- 2008年
- 为鉴别已公布基因组序列的SS298HAH33株的脂蛋白,以研究脂蛋白在SS2致病过程中的作用,首先利用PrositeScan和DOLOP脂蛋白预测软件预测98HAH33株的脂蛋白,采用SignalP3.0HMM,PrediSi,Phobius和LipoP-HMM分析预测的脂蛋白的信号肽,然后经"多数票决法"鉴定脂蛋白,最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的脂蛋白进行功能分析。结果鉴定出31种脂蛋白,占SS2致病株98HAH33蛋白质组的1.465%。功能分析结果表明,共有16种脂蛋白是ABC转运体的底物结合蛋白(SBP),9种SBP基因与其相应通透酶和ATPase基因组成完整ABC转运体的操纵子,参与氨基酸、金属离子、核苷、无机盐等的运输;7种具有与数据库酶域相匹配或经BlastP比对与其他酶有一致性;5种为假定的蛋白;3种脂蛋白具有其他功能。这些资料提示脂蛋白在SS2的生理和致病性方面具有重要作用。
- 孙理云王利巧毛薇
- 关键词：猪链球菌2型脂蛋白生物信息学毒力因子
