山东省科技攻关计划(2009GG10009006)
- 作品数：9 被引量：59H指数：4
- 相关作者：秦卓明徐怀英黄兵李玉峰张伟更多>>
- 相关机构：山东省农业科学院山东农业大学更多>>
- 发文基金：山东省科技攻关计划国家自然科学基金山东省农业科学院青年科研基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异频率的分析被引量：5
- 2015年
- 旨在探讨中国北方地区传染性支气管炎病毒(IBV)的流行和分子变异,进而探讨IBV的遗传演变规律。利用生物信息学方法对IBV纤突蛋白(S1)和核蛋白(N)编码基因进行分析比较。结果显示:2012—2013年发生在山东、天津等北方地区的IBV流行株高度同源,其S1基因核苷酸(氨基酸)相似性为94.0%~100%(93.1%~100%),N基因为98.4%~99.1%(98.1%~99.8%),而与经典疫苗株H120相似性均较低,且至少在S1基因的3个高变区产生了较多的点突变、缺失和插入,且变异集中在第53—150和250—290位,以高变区HVR I居多,GM/13在62—65位缺失4个氨基酸。进一步的分析表明:IBV流行株S1基因与1998年在我国北方流行的A2株核苷酸相似性最高,为94.9%~97.2%,年核苷酸(nt)变异频率平均为2.4nt×10-3;而N基因则与LX4株相似性最高,为93.0%~93.5%,年变异频率平均为5.1nt×10-3。IBV流行株可能是A2-like和LX4-like毒株的重组,且N基因的变异频率明显高于S1基因。
- 盛晓丹徐怀英刘霞黄迪海曲新泽秦卓明
- 关键词：IBVS1基因N基因
- 传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性被引量：3
- 2010年
- 为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析。根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式。对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入。S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异。不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异。
- 曲新泽袁小远王友令徐怀英秦卓明姜世金
- 关键词：传染性支气管炎病毒S1基因基因分型
- 2006-2012年山东不同宿主新城疫分离株F和HN基因的分子特征
- 新城疫自1926年首次报道该病以来,在全世界范围内发生了四次大流行,其宿主范围不断扩大。NDV在免疫选择压力下不断发生变异,到目前已有至少10个基因型,且部分基因型毒株变异又可分成不同的亚型或亚亚型。材料与方法选取200...
- 徐怀英秦卓明王友令黄兵李玉峰
- 文献传递
- 近20年中国部分地区鸡源H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传演化及其变异频率被引量：29
- 2016年
- 【目的】通过比较不同时期的H9N2亚型禽流感流行毒株HA基因的分子特征和变异频率,揭示免疫压力下病毒的遗传演化趋势。【方法】选取源于课题组的40株鸡源H9N2毒株,以及从Gen Bank下载的136株中国鸡源H9N2流行毒株和7株经典毒株的序列,利用Lasergen 7.1和MEGA 5.1等软件,对其HA基因进行系统演化、分子特征和变异频率分析。【结果】系统发育分析表明,近20年的鸡源H9N2流行株分属于BJ94、Y280和S2等谱系,优势流行株的分布与年代密切相关。氨基酸序列比较显示,H9N2病毒不同谱系之间具有各自的特征,且存在着明显的氨基酸变异积累。以Ck/BJ/1/1994 HA基因为参照,1994–2014年间,H9N2流行株核苷酸和氨基酸的年均进化率分别为5.73×10^(–3)和4.25×10^(–3)。其中,2011–2014年的核苷酸(氨基酸)年均进化率为6.35×10^(–3)(5.32×10^(–3)),明显高于2006–2010年5.22×10^(–3)(3.70×10^(–3)),更显著高于疫苗推广初期1999–2005年的0.74×10^(–3)(0.50×10^(–3))。【结论】H9N2疫苗株和流行毒株的不匹配是病毒变异频率加快的重要原因。
- 孟芳徐怀英张伟黄迪海张再辉刘霞常维山秦卓明
- 关键词：H9N2禽流感HA基因
- 影响新城疫病毒分子变异的因素分析被引量：3
- 2010年
- 新城疫是危害我国家禽业的重要疫病,有关新城疫病毒的变异问题成为众多禽病研究者关注的焦点。本文总结了近年来国内外对新城疫病毒分子变异研究的新进展,结合作者多年来的工作积累,对影响该病毒分子变异的关键因素进行了分析。
- 秦卓明杨英阁于可响黄兵李玉峰徐怀英
- 关键词：新城疫病毒分子变异影响因素
- 新城疫病毒抗原性和核心基因的动态演化及防控思考被引量：6
- 2011年
- 新城疫是危害我国家禽业的重要疫病之一,强制免疫是我国的基本国策。免疫压力下,新城疫病毒抗原性和核心基因的变异问题成为众多禽病工作者研究的焦点。本文汇总了近年来国内外对新城疫病毒抗原性和分子变异研究的新进展,结合作者多年来的科研积累,对影响该病毒抗原性和核心基因分子变异的因素进行了分析,并对生产中新城疫的防控提出了基本建议。
- 秦卓明徐怀英刘玉山黄兵李玉峰
- 关键词：新城疫病毒抗原性核心基因分子变异
- 自然发生的1株传染性支气管炎病毒S1和N基因之间的重组被引量：2
- 2010年
- 本研究从出现典型呼吸道和肾脏病变的患病雏鸡中分离出1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitisvirus,IBV),命名为SC06,旨在探讨该病毒的重组机制。SC06接种10日龄SPF鸡胚可出现明显的"侏儒胚";对5日龄SPF鸡攻毒,可诱发呼吸道症状和肾脏病变。对其S1和N基因分别克隆测序,结合在GenBank中发表的其他IBV参考株序列,对其S1和N基因核苷酸(氨基酸)序列分别进行同源比较,绘制系统发育树。结果表明:SC06与英国4/91株的S1基因核苷酸(氨基酸)同源性最高,为98.7%(98%),而与国内大部分流行株的核苷酸同源性仅为75.6%～76.0%;然而,SC06与国内流行株DY06、SDGE01的N基因核苷酸(氨基酸)同源性达99.3%(99%)、93.4%(93.6%),而与英国的4/91的N基因核苷酸(氨基酸)同源性仅为85.7%(92.4%)。S1基因系统发育方面,SC06与英国的4/91和7/93B属于同一基因型,而与作者实验室近年分离的SDGE01等大部分山东流行株及国内流行的LX4等株分属不同的基因型;但其N基因分型时,SC06和DY06与国内部分流行株属于同一个进化分支,而与英国的4/91和7/93B不同。综合上述结果,推测SC06为英国4/91和国内流行株的重组株,其S1基因来自4/91疫苗,而N基因来自国内DY06类型的IBV国内流行株。
- 徐怀英张伟秦卓明曲新泽王友令黄兵李玉峰
- 关键词：传染性支气管炎病毒S1基因N基因
- 免疫压力下的新城疫病毒演化趋势和防控策略
- 新城疫(Newcastle disease,ND)是近30年来严重危害我国养禽业的重要疫病,疫苗免疫是我们的基本国策,成效巨大。但由于长期的疫苗免疫,新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)本...
- 秦卓明徐怀英
- 文献传递
- 疫苗免疫压力下新城疫病毒的动态演化被引量：11
- 2013年
- 国内大量新城疫病毒(NDV)血凝素基因F和HN的测序表明,NDV主要免疫原HN和F基因与生产中广泛应用的经典疫苗La Sota株的核苷酸同源性不足80%,而NDV流行株之间则高达94.4%～100%,从分子遗传学角度证实了VIId型NDV是导致新城疫免疫失败的重要原因。HI交叉抑制和鸡胚中和试验等则从抗原性的角度证实了NDV在免疫压力下抗原性的变化,尽管NDV不同毒株间抗原性变异的程度已出现明显差异,但仍局限在同一个血清型中。
- 秦卓明徐怀英刘玉山黄兵李玉峰黄迪海
- 关键词：新城疫病毒
- H9N2禽流感不同毒株鸡胚交叉中和指数及其与HA基因氨基酸同源性相关的研究被引量：2
- 2013年
- 对国内1998-2011年流行的22株H9N2分离株进行病原鉴定和HA基因的序列测定,结合在GenBank中公开的46株国内外H9N2病毒进行序列比对,绘制系统发育树。选取在时间、地点和遗传进化方面具有代表性意义的6株H9N2毒株,分别制备单因子血清,进行鸡胚交叉中和试验,计算不同毒株之间的鸡胚交叉中和指数,确定H9N2不同毒株之间的抗原相关系数,并与其HA基因氨基酸的同源性进行相关比较。以期在分子水平上探讨我国疫苗免疫压力下H9N2禽流感病毒的变异,研究病毒的抗原性变化,探讨HA基因变异对抗原性的影响。结果表明:鸡胚中和指数与HA氨基酸同源性呈显著相关(P<0.01,r=0.639 8),表明在多年的疫苗免疫压力下,H9N2病毒已经在分子水平和抗原性上发生了一定程度的变异。该结果为研制新型的H9N2疫苗提供理论支持。
- 刘娟张伟徐怀英马秀丽李建黄兵秦卓明崔言顺
- 关键词：H9N2HA基因抗原性
