全球变化研究国家重大科学研究计划(2010CB912801)
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 相关作者：付汉江郑晓飞刘珊珊朱娟娟蒋太峰更多>>
- 相关机构：军事医学科学院汕头大学吉林大学更多>>
- 发文基金：全球变化研究国家重大科学研究计划国家自然科学基金北京市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 串联MS2衣壳蛋白和MS2特异结合RNA表达载体构建及应用
- 2012年
- 目的构建体内研究RNA-蛋白相互作用的表达载体。方法利用MS衣壳蛋白可与MS2结合位点(MS2bs)RNA特异性结合的特点,通过设计特异引物,构建pcDNA3.0-Flag-2XMS2和pcDNA3.0-12XMS2bs表达载体,以及表达MEG3非编码RNA的表达载体pcDNA3.0-MEG3V1-12XMS2bs。共转染细胞,进行RNA免疫沉淀,所得RNA进行实时定量PCR分析验证。结果成功构建了pcDNA3.0-Flag-2XMS2和pcDNA3.0-12XMS2bs表达载体,实时定量PCR结果表明,与对照相比能明显富集MEG3V1非编码RNA分子。结论成功构建了体内研究RNA-蛋白质相互作用的表达载体,为RNA-蛋白相互作用研究提供了新的技术方法。
- 蒋太峰付汉江刘珊珊金英花朱捷李恩民郑晓飞
- 关键词：RNA结合蛋白
- 人源microRNA前体的全基因组预测
- 2011年
- microRNA(miRNA)是一类不编码蛋白的调控小分子RNA,在真核生物中发挥着广泛而重要的调控功能.由于miRNA的表达具有时空特异性,因而通过计算方法预测miRNA而后有针对性的实验验证是miRNA发现的一条重要途径.降低假阳性率是miRNA预测方法面临的重要挑战.本研究采用集成学习方法构建预测miRNA前体的分类器SVMbagging,对训练集、测试集和独立测试集的结果表明,本研究的方法性能稳健、假阳性率低,具有很好的泛化能力,尤其是当阈值取0.9时,特异性高达99.90%,敏感性在26%以上,适合于全基因组预测.采用SVMbagging在人全基因组中预测miRNA前体,当取阈值0.9时,得到14933个可能的miRNA前体.通过与高通量小RNA测序数据的比较,发现其中4481个miRNA前体具有完全匹配的小RNA序列,与理论估计的真阳性数值非常接近.最后,对32个可能的miRNA进行实验验证,确定其中2条为真实的miRNA.
- 应晓敏朱娟娟王小磊赵东升付汉江郑晓飞李伍举
- 关键词：MIRNA
