国家自然科学基金(30570795) 作品数:17 被引量:126 H指数:6 相关作者: 杨拴盈 南岩东 卜丽娜 尚文丽 霍树芬 更多>> 相关机构: 西安交通大学医学院第二附属医院 浙江大学医学院附属第二医院 西安交通大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 教育部“新世纪优秀人才支持计划” 西安市科技计划项目 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 理学 更多>>
Detection of lung adenocarcinoma using magnetic beads based matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry serum protein profiling 被引量:13 2010年 背景由于 proteomic 技术的快速的发展,最近,大进展在许多科学的地里被做了。我们试图使用基于的磁性的祷告(液体薄片)为肺腺癌( adCA )屏蔽特殊 biomarkers 的帮助矩阵的激光解吸附作用/电离 time-of-flight 团 spectrometry ( MALDI-TOF-MS )技术,并且交换磁性的祷告( MB-WCX )用弱阳离子建立诊断蛋白质 profiles.Methods 从 35 肺 adCA , 46 良性的肺疾病( BLD )和 44 个健康个人的 sera 孤立并且净化低分子的重量蛋白质。锚 chip-MALDI-TOF-MS 获得的产生系列被 ClinProTools 和模式识别分析基因算法(GA ) 。在工作的团中的结果 800-10 变化 000 Da, 99 座特殊山峰在肺 adCA 对 BLD 被解决,当 101 座山峰在肺 adCA 对健康的人被解决时。能把 adCA 与 BLD 区分开来的 GA 获得的侧面与 80% 的敏感由 4053.88, 4209.57 和 3883.33 Da 组成, 93% 的特性当那能把 adCA 与健康控制分开时与 94% 的敏感由 2951.83 Da 和 4209.73 Da 组成, 95% 的特性。carcinoembryonic 抗原(CEA ) 在这个实验提供的敏感比我们的差别对待的侧面显著地低(P < 0.005 ) 。我们进一步识别了一个真核细胞的肽链版本因素 GTP 有约束力的子单元(eRF3b )(4209 Da ) 和可以为肺 adCA 用作候选人 biomarkers 的补充 C3f (1865 Da ) 。基于的 MALDI-TOF-MS 技术能很快并且有效地屏蔽的结论磁性的祷告从肺 adCA 病人和控制的 sera 的特殊蛋白质 / 多肽,它有潜力为为肺 adCA 建立一个新诊断方法珍视。 LIN Xiu-li YANG Shuan-ying DU Jie TIAN Ying-xuan BU Li-na HUO Shu-fen WANG Feng-peng NAN Yan-dong关键词:蛋白分析 人血清 离子化 磁珠 Study of differential proteins in lung adenocarcinoma using laser capture microdissection combined with liquid chip-mass spectrometry technology 2010年 发生在肺癌症病人的肺腺癌(adCA ) 的比例增加了的最近的年里的背景。与液体薄片团 spectrometry 技术用激光俘获 microdissection (最小公倍数)结合了,我们试图由在最小公倍数和磁性的祷告基于的我们使用了的 adCA.Methods 的纸巾学习蛋白质屏蔽肺癌症 biomarkers 弱阳离子交换( MB-WCX )从六叫新鲜 adCA 和匹配的正常的肺纸巾的盒子分开并且净化同类的 adCA 房间和正常。蛋白质被矩阵分析并且鉴别帮助激光解吸附作用 / 电离 time-of-fight 团 spectrometry (MALDI-OF-MS ) 。我们关于 2.895x106 为使用一个光线的基本函数的最好的模式屏蔽了神经网络 algorithm.Results, 1.584x106 房间被最小公倍数令人满意地从新鲜的肺 adCA 的六个盒子获得并且分别地匹配正常的肺纸巾。房间人口的同质是由显微镜的可视化决定了被估计是超过 95% 。比较差别表示了在肺 adCA 和匹配的正常的肺组,之间的蛋白质分别地, 221 和 239 座蛋白质山峰在在 800 Da 和 10 000 Da 之间的 mass-to-charge 定量(M/Z ) 被发现。根据 t 测试,在 7521.5 M/Z 和 5079.3 M/Z 的二座蛋白质山峰的表示有纸巾之间的最大的差别。他们更微弱地与匹配的正常的组相比在肺 adCA 被表示。二座蛋白质山峰能精确地由样品分发图表把肺 adCA 与匹配的正常的肺组分开。能把肺 adCA 与在 3358.1 M/Z 由三蛋白质组成的匹配的正常的肺织物分开的一个差别对待的模式, 5079.3 M/Z 和 7521.5 M/Z 被光线的基本功能建立有100%和100% .Conclusions 的特性的敏感的神经网络算法在肺 adCA 的微分蛋白质用与液体薄片团 spectrometry 技术相结合的最小公倍数被屏蔽,并且一个 biomarker 模型被建立。这种技术将在屏蔽和肺 adCA 的早诊断成为一个强大的工具,是可能的。 BU Li-na YANG Shuan-ying LI Feng-tao SHANG Wen-li ZHANG Wei HUO Shu-fen NAN Yan-dong TIAN Ying-xuan DU Jie LIN Xiu-li LIU Yan-feng LIN Yu-rong RONG Biao-xue关键词:激光捕获显微切割 蛋白质组成 质谱技术 神经网络算法 血清蛋白质组学技术及其在肿瘤标志物研究中的应用进展 2008年 血清蛋白质组学从新的角度研究肿瘤,寻找肿瘤标志蛋白,进而阐明其表达水平的变化及其与肿瘤发生、发展的相互关系,对肿瘤的早期诊断、治疗、药物研发等方面具有重要意义。本文就血清蛋白质组学的相关技术、策略及其在筛选血清肿瘤标志物方面的应用进展作一综述。 杜洁 杨拴盈 卜丽娜关键词:血清蛋白质组学 肿瘤标志物 肺癌蛋白质组学研究的现状与进展 被引量:5 2006年 蛋白质组学是继人类基因组计划之后,生命科学领域又一研究热点,在肿瘤基础和临床应用研究中蓬勃开展。本文就蛋白质学及其相关方法在肺癌研究中进展及现状进行综述。 杨拴盈 南岩东 温雪萍关键词:肺癌 蛋白质组学 X线胸片对高危人群肺癌筛查价值的系统评价 被引量:9 2011年 目的应用Meta分析法综合评价X线胸片在肺癌筛查中的价值。方法在PubMed、Cochrane、ISIWebofKnowledge等数据库检索1996年至2011年期间的相关文献资料;根据纳入标准筛选符合条件的文献;对文献进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用随机效应模型进行数据分析;通过似然比、汇总灵敏度和特异度及汇总受试者工作特征曲线(SROC曲线)等统计指标综合评价X线胸片在肺癌筛查中的价值。结果共纳入9篇文献,其中英文6篇,中文3篇,由8个独立研究构成,研究对象94490例。异质性检验提示无阈值效应,但存在其他原因导致的异质性,按随机效应模型进行Meta分析得出X线胸片在肺癌筛查中价值的汇总阳性似然比为9.13,汇总阴性似然比为0.72,汇总灵敏度为0.250(0.219~0.282),汇总特异度为0.932(0.930~0.933),SROC曲线下面积为0.8536。结论X线胸片对肺癌具有一定的诊断价值,但其敏感度为25%,不适用于筛查。 蒋梅花 杨拴盈 周丹菲 李维 刘晓丽 戎彪学 尚文丽关键词:X线胸片 肺癌 META分析 低剂量螺旋CT对高危人群肺癌筛查价值的Meta分析 被引量:59 2011年 目的应用Meta分析法综合评价低剂量螺旋CT(low-dose spiral computed tomography,LDCT)在肺癌筛查中的价值。方法在PubMed、Cochrane等数据库检索1996年至2010年期间的相关文献资料;根据纳入标准筛选符合条件的文献;对文献进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用随机效应模型进行数据分析;通过似然比(likelihoodratio,LR)、加权灵敏度和特异度(pooled sensitivity and specificity)及汇总受试者工作特征曲线(summary receiveroperator characteristic curve,SROC曲线)等统计指标综合评价LDCT在肺癌筛查中的价值。结果共纳入12篇英文文献,由9个独立研究构成,研究对象28 024例。文献质量评估结果提示纳入文献质量较好;LDCT在肺癌筛查中价值的合并阳性似然比(+LR)为3.35,阴性似然比(-LR)为0.29,加权灵敏度为0.735(0.730~0.740),特异度为0.791(0.747~0.830),SROC曲线下面积(area under curve,AUC)为0.847 3。结论多数独立研究单位报道的LDCT在早期肺癌筛查中的价值评价一致。通过汇总相关研究结果显示,LDCT在早期肺癌筛查中具有较高的价值,但仍需要高质量的随机对照研究以更准确地评价其临床价值。 尚文丽 张和平 杨拴盈 张薇 霍淑芬 刘延峰关键词:低剂量螺旋CT 早期肺癌 META分析 ELISA法检测血清胃泌素释放前体肽诊断小细胞肺癌的系统评价 被引量:1 2010年 目的评价酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清胃泌素释放前体肽(Pro-GRP)诊断小细胞肺癌(SCLC)的价值。方法检索PubMed、Cochrane、ISI Web of Knowledge等数据库,检索时间为1990~2009年发表的文献,收集关于ELISA法检测血清Pro-GRP诊断SCLC的相关文献并进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用Meta-Disc1.4软件进行数据分析;通过汇总敏感度、特异度、汇总似然比及汇总受试者工作特征曲线(SROC曲线)等统计指标综合评价ELISA法检测血清Pro-GRP对SCLC的早期诊断价值。结果共纳入11篇文献,其中英文文献6篇,中文文献5篇,样本量为3 554例,其中经病理学确诊的SCLC为1 122例,NSCLC为2 432例。异质性检验显示纳入研究齐性好,通过确定模型的汇总计算得出汇总敏感度为0.75(0.73,0.78),汇总特异度为0.93(0.92,0.94),汇总阳性似然比11.44,汇总阴性似然比0.27,SROC曲线下面积为0.93。结论 Pro-GRP在早期诊断SCLC中具有一定的参考价值,可作为较重要的参考指标之一。 杨渭临 张薇 章琳 刘晓丽 杨拴盈关键词:肿瘤标志物 小细胞肺癌 ELISA法 META分析 应用液体芯片-质谱技术筛选肺鳞癌患者血清标志蛋白 被引量:7 2009年 目的探讨液体芯片.质谱技术(CLINPROT系统)在肺鳞癌患者血清标志蛋白筛选中的应用。方法应用CLINPROT系统检测34例肺鳞癌患者(肺鳞癌组)、46例良性肺疾病患者(良性对照组)及44名正常人(正常对照组)的血清蛋白表达谱,应用FlexAnalysis3.0软件进行数据分析,筛选差异表达蛋白质;采用液相色谱串联质谱(LC—MS/MS)技术鉴定标志蛋白。结果分别比较肺鳞癌组与正常对照组以及肺鳞癌组与良性对照组血清蛋白表达谱,在质荷比(M/Z)800—10000范围内,前者筛选出96个差异表达蛋白峰,其中M/Z为4054.13和4267.46的蛋白峰在2组间差异最大,用这2种差异蛋白建立的坐标系具有良好的区分肺鳞癌与正常人的能力;后者筛选出99个差异表达蛋白峰,其中M/Z为5065.27和4054.02的蛋白峰在2组间差异最大,用这2种差异蛋白建立的坐标系具有良好的区分肺鳞癌与良性肺疾病的能力。取M/Z为1778和1865的蛋白行LC-MS/MS鉴定,结果提示二者可能均为补体C3片段或C3前体。结论肺鳞癌患者与正常人以及与良性肺疾病患者之间血清蛋白表达谱存在明显差异,应用液体芯片-质谱技术可能从血清中筛选出敏感性高、特异性强的肺鳞癌标志蛋白。 卜丽娜 杨拴盈 杜洁 南岩东 林秀丽 郑华东 霍树芬 尚文丽 刘延峰关键词:芯片分析技术 质谱分析法 小细胞肺癌及其配对的正常肺组织差异表达蛋白质的双相电泳-飞行时间质谱研究 被引量:3 2006年 目的应用比较蛋白质组学方法分析小细胞肺癌(SCLC)与其配对的正常肺组织差异表达蛋白质,为阐明SCLC发病机制、筛选其早期诊断标志物提供有益的思路。方法应用双相电泳(2-DE)分离6例SCLC及其配对的正常肺组织可溶性总蛋白;应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获得差异蛋白点的肽质量指纹图谱(PMF);通过Mascot软件查询NCBI或SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质。结果每张图谱约检测到800多个蛋白质点。经匹配分析,肺癌组织之间和正常肺组织之间凝胶图像的匹配率分别为75.5%和78.2%;选择14个背景清晰、重复性及分辨率较好、蛋白表达差异明显的点进行质谱分析,结合表观分子量及等电点(pI),初步鉴定了11种(六类)蛋白质:①与蛋白质降解通路有关的蛋白质:蛋白酶体α亚单位3型、蛋白酶体β亚单位2型及β亚单位5型;②自由基/抗氧化剂类:锰-超氧化物歧化酶(Mn-SOD)、过氧化氢酶(CAT)和黄素还原酶(FR);③细胞骨架类:原肌球蛋白-3(Tpm-3);④与能量代谢有关的蛋白质:硫氧还蛋白过氧化物酶(TPX1);⑤分子伴侣:抑制素(PHB),内质网蛋白ER29(Erp29);⑥其他:可溶性NSF黏附蛋白(alpha SNAP)。结论应用2-DE及MALDI-TOF-MS方法分离并初步鉴定了11种(六类)蛋白质;这些蛋白质与SCLC发生发展密切相关,部分可能成为SCLC诊断及治疗的分子靶点。 杨拴盈 张王刚 张潍 周斌 田应选 南岩东 卜丽娜 阮禹松 孙秀珍 杨德昌关键词:小细胞肺癌 双相电泳 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 肽质量指纹图谱 痰细胞学液基薄层检测技术对肺癌诊断价值的Meta分析 被引量:7 2011年 目的应用Meta分析法综合评价痰细胞学液基薄层检测技术对支气管肺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Cochrane、ISI Web of Knowledge等数据库,检索时间为1990年1月至2011年2月发表的相关文献,收集关于痰细胞学液基薄层检测技术诊断支气管肺癌的相关研究文献并进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用Meta-Disc1.4软件固定效应模型进行数据分析;通过汇总敏感度、特异度、汇总似然比及汇总受试者工作特征曲线(SROC曲线)等统计指标综合评价痰细胞学液基薄层检测技术对支气管肺癌的诊断价值。结果共纳入8篇文献,其中英文2篇,中文6篇,样本量为2584例,其中经组织病理学确诊或明确临床诊断的支气管肺癌共1719例,865例非肺部恶性肿瘤患者为对照。异质性检验显示纳入研究齐性好,通过固定模型的汇总计算得出汇总灵敏度为0.44(95%CI0.42,0.46),汇总特异度为1.00(95%CI0.99,1.00),汇总阳性似然比为72.54(95%CI31.66,166.17),汇总阴性似然比为0.50(95%CI0.47,0.53),SROC曲线下面积为0.9736。结论汇总相关研究结果表明:痰细胞学液基薄层检测技术在支气管肺癌的诊断中特异度达到0.99~1.00,但灵敏度仅为0.44,尚不适用于支气管肺癌的筛查。但是本研究纳入文献有限,需要更多高质量、大样本、多中心的研究加以验证。 周丹菲 杨拴盈 蒋梅花 李维 刘晓丽 戎彪学 张薇关键词:支气管肺癌 痰细胞学 液基薄层 META分析