自GenBank检索到双壳类线粒体基因组，对其进行基因结构比较分析，以揭示线粒体基因组的演化规律，为线粒体基因组在物种演化和鉴定上的应用研究提供资料。结果共获得45个物种线粒体基因组序列，分布于双壳类5个目中。多数种类线粒体基因组大小为15～32 kb。平均 A＋ T ＝62．9％。多数种类基因分布在重链上，而蚌目的基因分布在2条链上；少数种类（蚌目13个、帘蛤目的2个、贻贝目的1个、海螂目的1个，巨蛎属的贝类）的线粒体基因组含有13种蛋白质基因，其余种类为12种，缺少atp8；文蛤属4个种类、巨蛎属中4个种类、蚌目的11个种类、贻贝属中的紫贻贝和地中海贻贝的PCGs、rRNA基因排序在同属内或科内相同；珍珠贝目牡蛎科的10个种类线粒体基因组可分为7种类型；扇贝科海湾扇贝2个线粒体基因组基因结构相似外，其余种类无共享基因块；贻贝科的紫贻贝和海湾贻贝基因结构极相似。绿贻贝的结构独特，co x 2为双拷贝；海螂目的北方钻岩蛤基因结构与其它目的相似性极低。多数双壳类线粒体基因组非编码区占7．64％～40．26％，主非编码区大小为374～4341 nt。基于12种PCGs核苷酸/氨基酸的属内种间最小分歧度分别为0．2～1．0/0～1．0（文蛤属）、0．4～2．0/0～3．2（贻贝属）和1．9～13．9/0～6．4（巨蛎属）。
